В Эстонии история Junior Achievement начинается с 1991 года. В этом году в Алма-Аты состоялась ознакомительная конференция общего проекта компьютерной фирмы IBM и Министерства образования бывшего СССР. Среди прочего шла речь и о движении Junior Achievement. В декабре того же года в Москве во Дворце съездов с программами Junior Achievementi познакомили руководителей в сфере образования бывшего Советского Союза.
C 26 января по 1 февраля 1992 года Мари Суурвяли и Ида Чекулаева прошли курс обучения, организованный в Троицке и первыми в Эстонии получили право преподавания Junior Achievementi. Сразу же началась работа по программе с двумя пилотными классами (в Таллиннской Вяйке-Ыйсмяэ гимназии и в Таллиннской 40 школе).
В августе 1992 года Открытый Фонд Эстонии (Avatud Eesti Fond) совместно со специалистами Junior Achievement International организовали для учителей экономики Эстонии, Латвии, Литвы и Украины знакомство с программой «Обучение экономике», ориентированной на учащихся средней школы. Это и стало началом преподавания по программам Junior Achievement в Эстонии.
20 апреля 1994 года Junior Achievementi Arengufond (JAAF) была зарегистрирована как независимая организация, ее первым директором и председателем правления стала Мари Суурвяли, которая продолжала руководить Junior Achievement Arengufond до июля 2002 года. Сразу же была поставлена цель - присоединиться к европейскому движению ученических фирм, чью деятельность координировала организация Young Enterprise Europe, что и было сделано в 1996 году. С тех пор ученические фирмы Эстонии принимают активное участие в ярмарках и соревнованиях европейских ученических фирм.
В 2002 году Young Enterprise Europe и Junior Achievement Central and Eastern Europe были объединены под общим названием Junior Achievement-Young Enterprise Europe'i (JA-YEE), которая на сегодняшний день носит название JA Europe. JA Eesti является одним из членов-учредителей.
С 2002 по 2018 год бессменным директором JA Eesti была Эпп Водья, которая до сих пор является главным специалистом и движителем программы Ученической фирмы в Эстонии.
