Eestikeelse ajakirjanduse kõrval avardas eestlaste silmaringi ja tõstis nende ühiskondlikku aktiivsust seltsidesse koondumine. Seltsid olid kindla põhikirjaga omaalgatuslikud ühendused. Euroopas levis seltsiliikumine alates 18. sajandi teisest poolest, Eestis olid algul seltsidega seotud vaid baltisaksa aadlikud, haritlased ja linnakodanikud. Enamik seltse olid seisuslikud ning võtsid liikmeks ainult kindla ühiskondliku taustaga inimesi. Esimesed eesti soost haritlased (Faehlmann, Kreutzwald jt) koondusid 1838. aastal Tartus asutatud Õpetatud Eesti Seltsi, mille eesmärk oli eesti rahva mineviku, keele ja kirjanduse uurimine. Selts ise oli siiski saksakeelne ja selle peamise liikmes­konna moodustasid baltisaksa haritlased, kuigi kõrgharidusega eestlaste juurdetulekuga suurenes ka eestlaste osatähtsus.

Eestlaste laiem seltsiliikumine sai alguse lauluseltsidest. Laulmist peeti heaks eneseteostusvahendiks, mis pälvis ka baltisaksa ülem­kihi soosingu. Esimesed eesti laulukoorid asutati 18. sajandi lõpul ja 19. sajandi algul kirikute juurde, vennastekoguduse ringides või külakoolides. Nende eestvedajad olid ennekõike kohalikud pastorid või köstrid ning enamasti lauldi kirikulaule.

Uue tõuke koorilaulu arengule andsid 1865. aastal asutatud linna­seltsid Vanemuine Tartus ja Estonia Tallinnas, nende peamiseks tegevuseks kujunes ilmaliku koorilaulu edendamine. Vanemuise esimeseks koorijuhiks sai J. V. Jannsen.

1860. aastate teisel poolel hakati aga laulukooride kõrvale või nende asemele rajama üha enam kindla põhikirjaga lauluseltse, sest seltsi vorm pakkus tunduvalt avaramaid võimalusi ühis­kondlikus elus kaasalöömiseks. Samas tõi see kaasa politsei järelevalve, et seltsis ei tehtaks midagi valitsuse- ega kiriku­vastast. Eesti lauluseltside eeskujuks olid baltisaksa lauluseltsid. Eriti mõjutas uute laulukooride ja lauluseltside rajamist esimene üldlaulupidu Tartus 1869. aastal. 19. sajandi lõpuks tegutses Eestis ligikaudu 40–50 muusikaseltsi.

1880. aastatest hakkasid eestlased aktiivselt ühinema Soome ees­kujul asutatud karskusseltsidega. Nende põhitegevus oli pidada karskusteemalisi loenguid ja koosolekuid, kuid samuti edendasid nad koorilaulu ja näitemängu. Paljude karskusseltside juurde asutati raamatukogud ja lugemislauad.

Eestlaste suurem seltsidesse koondumine sai alguse 1870. aastatel ning muutus rahvusliku liikumise edenedes ja rahva majandusliku olukorra paranedes järjest rohkemaarvuliseks. Paljud eesti seltsid asutati varasemate saksa seltside eeskujul. Kõige tähtsamat rolli etendasid laulu- ja karskusseltsid, kuid asutati ka põllumeeste-, tuletõrje-, spordi-, kindlustus- ja käsitööliste seltse. Kõige aktiivsemad seltside asutajad ja liikmed olid kooliõpetajad, kuid palju oli ka taluomanikke, käsitöölisi, kaupmehi jt. Põhikirja järgi tohtisid seltsidesse kuuluda vaid mehed, naised võisid kaasa lüüa laulukoorides. Peale põhiees­märgi püüdsid kõik seltsid ka rahvast harida ja kultuurielu edendada: peeti kõnekoosolekuid, korraldati loenguid, seltsi­pidusid, näitemänge, asutati rahva- ehk laenuraamatu­kogusid jms. Seltside juurde moodustati sageli oma liikmete jaoks haige-, matuse-, abistamis- või hoiukassad. Alates 1880. aastate lõpust kerkisid esimesed seltsimajad.

Seltsiliikumise tuntus annab tunnistust eesti kodanikuühiskonna sünnist. Nendes ühendustes ei piirdutud enam lihtsalt rahvus­uhkuse rõhutamise ja isamaaliste kõnedega, vaid asuti oma hariduselu ja kultuuri ise korraldama. Majandusseltsid aitasid kaasa eesti talumajapidamiste edenemisele ja kaitsesid väike­põllumeeste huve.

1880. aastate algul muutusid eesti seltsid üha enam poliitiliseks. Tähelepanuväärseim sündmus oli see, kui 17 eesti seltsi saadikut Carl Robert Jakobsoni ja Eesti Kirjameeste Seltsi eest­vedamisel käisid 1881. aastal äsja Venemaa troonile asunud keisri Aleksander III juures audientsil. Kohtumisel anti üle märgukiri, milles nõuti reforme ja saksa mõju vähendamist Eesti ühiskonnas. Sooviti, et eestlased saaksid talude päriseksostmisel tugineda riiklikult kindlaks määratud hinnale, et riik nõuaks mõisamaadelt talu­maadega võrdselt riigimakse, et Venemaal toimunud haldus­reform laieneks ka Balti kubermangudele, nii et eestlased saaksid maaomavalitsuses sakslastega võrdse esindatuse, samuti et kohtureformiga kaoks saksa keele ja sakslaste võimutsemine kohalikus kohtus. Eestlaste koolid paluti vabastada baltisaksa koolivalitsuse ja pastorite kontrolli alt. Eesti kirikukogudused soovisid endale õigust valida ise kirikuõpetaja (seni kuulus see õigus kohalikele mõisnikele). Lõpuks avaldati märgukirjas kahetsust, et Balti kubermangude jaotus ei arvesta eesti ja läti keele piiri ning soovitati eestlaste asualast lähtuva ühtse kubermangu moodustamist. Paljud esitatud nõudmised jäid päevakorrale kuni 1917. aastani. 1881. aasta suur märgukiri oli suurim poliitiline ettevõtmine 19. sajandi eesti rahvuslikus liikumises. Kuni 20. sajandi alguseni seltsid siiski veel otseselt poliitikasse ei sekkunud, vaid edendasid eesti kultuurilist rahvuslust.