Läänemere idakaldal – eestlaste, liivlaste ja lätlaste asualadel – ei olnud 16. sajandiks ühtset riiki välja kujunenud. Samal ajal naaberriigid tugevnesid. Rootsi oli 16. sajandi algul vabanenud Taani kuninga võimu alt ning uus Vasade dünastia ehitas üles efektiivset ja tugevat riiki. Ka Soome oli Rootsi kuningriigi osa. Rootslaste suurimad konkurendid olid taanlased, kelle võimu alla kuulus ka Norra ja praegune Lõuna-Rootsi. Tänu oma asendile kontrollis Taani pääsu Läänemerele ja kuningas teenis suuri summasid tollidelt, mida võeti väinu läbivatelt kaubalaevadelt.

Ida pool oli juba 15. sajandil esile tõusnud Moskva suurvürstiriik, mis ühendas enda alla teised Vene vürstiriigid, sealhulgas Eesti ala naabrid Novgorodi ja Pihkva. Lõunas oli suurimaks jõuks Poola, mille ratsavägi oli karastunud võitlustes Osmani türklastega. 1569. aastal kasvas Poola võimsus veelgi, sest vastavalt kokkuleppele Leedu kõrgaadliga sai Poola kuningas ka Leedu suurvürstiks. Tekkinud Poola-Leedu ühisriik oli tollase Euroopa suurim riik.

Kõik need riigid heitsid silma Läänemere idakalda maadele, ennekõike sellepärast et seda ala läbisid olulised kaubateed Venemaa ja Lääne-Euroopa vahel. Oluline oli vältida, et kogu territoorium langeks mõne konkurendi saagiks.

1558. a alanud Liivi sõjas variseski nõrk ja killustunud Liivimaa ordu ja piiskopiriikide süsteem Vene rünnakute all kokku, mis­järel kohalikud võimukandjad andsid end kas Poola, Rootsi või Taani kuninga kaitse alla. Edaspidiste sõdade käigus jagati Eesti ala nende riikide vahel korduvalt ümber, vastavalt sellele, kes parasjagu tugevam oli. Need sõjad kestsid pikemate või lühemate vaheaegadega ligikaudu 150 aastat, 18. sajandi alguseni. Alles siis õnnestus Venemaal oma võim kogu Eesti üle kaheks sajandiks kehtestada.

Niisiis oli varauusajal ja uusajal Eesti saatus olla suuremate riikide äärepealseks provintsiks. Vastavalt sellele, millisele riigile kuulus ülemvõim, saamegi Eesti varauusaja ja uusaja jaotada Rootsi ajaks (1561–1710) ja Vene ajaks (1710–1918). Lõuna-Eestis ehk Liivimaal eelnes Rootsi ajale üle poole sajandi pikkune Poola aeg (1561–1629) ja Saaremaal veelgi pikem Taani aeg (1561–1645).

Aastal 1600 oli eestlaste asuala jagatud kolme võimu vahel. Põhja-Eesti kuulus Rootsile ja seda hakati edaspidi nimetama Eestimaa provintsiks (sks k Estland). Lõuna-Eesti koos Läti aladega kuulus Poolale ja seda hakati nimetama Liivimaa provintsiks (sks k Livland). Saaremaa kuulus tollal eraldi provintsina Taanile. Eesti ala jagunemine eraldi Eesti- ja Liivimaa provintsiks jäi püsima tsaarivõimu lõpuni. Alles 1917. aastal ühendati kõik eestlaste asualad ühtseks provintsiks ehk kubermanguks. See tähendab, et kuni selle ajani oli põhja-eestlaste n-ö pealinnaks Tallinn, aga lõuna-eestlastel hoopis Riia.

1660/61. aasta rahulepingutega kindlustas Rootsi oma positsiooni Läänemere piirkonna võimsaima riigina. Ent naabrid polnud kaotustega leppinud ning ootasid sobivat hetke revanšiks. Ühe­kaupa võttes olid nad Rootsist nõrgemad, ent ühiselt tegutsedes kujutasid Rootsile suurt ohtu. 1699. aastal sõlmisidki Venemaa, Taani, Saksimaa ja Poola Rootsi-vastase koalitsiooni. Läbi­rääkimisi aitas korraldada Liivimaa aadlimees Johann Reinhold von Patkul, kes oli mõisate taasriigistamise pärast Rootsi võimudega tülli läinud ja Stockholmis selle eest surma mõistetud.

Põhjasõda algas Poola kuninga August II Tugeva vägede rünnakuga Riia vastu 1700. aasta veebruaris. Üllatusena planeeritud öine tormijooks siiski ei õnnestunud ning Augusti väed asusid linna piirama. Samal ajal ründasid taanlased Rootsi valdusi Põhja-Saksamaal. Loodeti, et noor ja kogenematu kuningas Karl XII, kes oli 1697. aastal kõigest 15-aastasena Rootsi troonile tõusnud, ei suuda riiki mitmest küljest korraga tabanud löökide vastu kaitsta. Ent Karl näitas üles otsustavust: ta ründas kohe Taani põhialasid ja sundis niiviisi Taanit rahu sõlmima.

Rootsile tuli kasuks ka see, et Vene tsaar Peeter I jäi esialgu sõjast kõrvale, sest ta pidi enne lõpetama sõja türklastega. Kui augustis saabus viimaks kauaoodatud teade, et Konstantinoopolis oli õnnestunud rahu sõlmida, kuulutas tsaar kohe Rootsile sõja. Venelased asusid piirama Narvat. Seepeale pani Karl XII oma peaväe Rootsis laevadele ja ruttas Narvale appi. Otsustavas lahingus 19. novembril purustati Vene väed täielikult. Ka Riia päästeti August Tugeva piiramisrõngast.

Karl XII arvas, et Venemaa ei kujuta endast enam ohtu, ning liikus vägedega Poolasse, et August Tugev troonilt kukutada. Ent sellega jäeti Eesti alad kaitseta. Kindral Šeremetjevi juhtimisel rüüstasid venelased ja nende vägedesse kuulunud tatarlased ja kasakad jõhkralt Eesti- ja Liivimaad ning 1704. aastal vallutati Narva ja Tartu. Kuna tsaar kartis, et Karl võtab Tartu tagasi, lasi ta kõik Tartu elanikud Venemaale küüditada ja linna täielikult purustada. Samal ajal alustas Peeter I Venemaal ulatuslikke ja sageli äärmuslikke reforme. Ta lõi uue korraliku väljaõppe ja relvastusega sõjaväe ning korraldas sõjakulude katteks ümber riigi maksusüsteemi. 1709. aastal said Rootsi väed venelastelt Poltaava lahingus hävitavalt lüüa. Sellega oli Eesti ala saatus otsustatud. 1710. aastal alistusid Peeter I vägedele üksteise järel Riia, Pärnu ja Tallinn. Põhjasõja lõpetanud Uusikaupunki rahu­lepinguga (1721) ühendati Rootsi Läänemere-provintsid ametlikult Venemaaga.