Nõukogude võim taastati Eestis 1944. aastal Punaarmee abil. Eesti võimu­struktuuris oli nagu Nõukogude Liiduski juhtiv koht kommunistlikul parteil. Eestimaa Kommunistlik Partei (EKP) allus täielikult Moskvale ja lähtus sealt saadud juht­nööridest. Partei­aparaati juhtis esimene sekretär, kelle eest­vedamisel käis iga nädal koos EKP keskkomitee büroo, kus arutati liidu­vabariigi haldamisega seotud küsimusi. Keskkomitee büroo oli paljuski tegelik võimukese, kus arutati läbi ja otsustati suur osa kohalikke küsimusi.

EKP ja Moskva keskvõimu tahet täitis Eesti NSV valitsus. Liiduvabariigi kõrgemal seadusandlikul võimuorganil, Eesti NSV Ülemnõukogul ei olnud tegelikku võimu. Nõukogude­aegsed valimised olid formaalsed: hääletada sai vaid ühe kõrgemalt poolt heaks kiidetud kandidaadi poolt. Tollased ülem­nõukogu saadikud ei olnud kutselised parlamendi­liikmed, vaid täitsid oma kohustusi põhitöö kõrvalt. Neil ei olnud mingit ise­seisvat otsustus­õigust, hääletada tuli kuulekalt juba varem parteis ja valitsuses heakskiidetud ja ette­valmistatud otsuste poolt.

Eesti NSV partei ja valitsus koosnes sõja järel peamiselt nn juuni­kommunistidest (1940. a juuni­pöörde aktiivsed osalised), Eesti Laskur­korpuse veteranidest, Venemaa eestlastest ning teistest NSV Liidu piirkondadest pärit inimestest. EKP liikmeskonna moodustasid eri tasandite partei­ametnikud ning kohalike ja riigi­organite ametnikud. EKP esialgu väikse­arvuline liikmeskond hakkas sõja­järgsetel aastatel kiiresti kasvama. Partei liikmeks astus järjest rohkem ka kohalikke eestlasi. 1988. aastal oli EKP ridades 112 925 inimest ehk ligikaudu 10% tollase Eesti NSV täiskasvanud elanikkonnast.

Sõjajärgsetel aastatel juhtis EKP-d Nikolai Karotamm. Eesti NSV-d valitsedes tugines ta eelkõige juuni­kommunistidele ja laskur­korpusest tulnud eestlastele, kuid püüdis arvestada ka liidu­vabariigi vajadustega. Moskva aga toetas eelkõige enda saadetud ametnikke. Karotamme ja tema lähi­kondlasi süüdistati kodanlikus natsionalismis, vääras kolhoosi­poliitikas ja muudes mööda­laskmistes. 1950. aastal toimunud EKP VIII pleenumil vabastati Karotamm ametist ja tema asemele pandi Johannes (Ivan) Käbin.

1950. aasta oli oluliseks murranguks Eesti NSV sise­poliitilises elus: võimule pääsesid Venemaa eestlased ja muukeelne partei­kaader. Käbin oli Karotammest kuulekam Moskva suuniste täitja, kuid mitte ka liidu­vabariigi äärmuslik venestaja. Käbin ajas mõõdukat laveerimis­poliitikat, püüdes olla parasjagu Moskva-meelne ning samas arvestada ka Eesti NSV eripäradega. Ta suutis edukalt muganduda nii stalinismi, sulaaja kui ka 1960. aastatel Nõukogude Liidus alanud seisakuaja poliitiliste oludega ja säilitada oma ametikoha.

Olukord muutus 1970. aastatel. 1978. aastal asendati Käbin üdini Moskva-meelse ja peaaegu umbkeelse Karl Vainoga. Tema võimule­tulekuga algas Eesti NSV-s uus venestamisaeg. Eriti aktiivseks muutus vene keele kasutamise propaganda, mis saavutas haripunkti 1980. aastate esimesel poolel.

Liiduvabariigi valitsemisel etendasid tähtsat rolli julgeoleku­organid. Sõja­järgsetel aastatel hoidsid ühiskonda kontrolli all siseasjade ja julgeoleku rahva­komissariaat. 1954. aastal moodustati eraldi üleliiduline Riikliku Julgeoleku Komitee (KGB) ja selle all­asutustena kohalikud riikliku julgeoleku komiteed. Sise­ministeerium hakkas tegelema üksnes korra­kaitsega.

KGB-l oli tööd palju. Ühiskonda tuli pidevalt jälgida ja kontrollida, et nõukogude­vastased ettevõtmised juba eos avastada ja peatada. Kõigi KGB ülesannete täitmiseks ei piisanud koos­seisulistest töötajatest, nende kõrval värvati kaas­töölisteks kõigi ühiskonna­kihtide esindajaid. KGB kaas­tööliseks võis saada vaba­tahtlikult, kuid osa inimesi sunniti teiste järele nuhkima ka ähvardustega või muul viisil.

Nõukogude võimu põlistamisele aitas olulisel määral kaasa Eestisse jäetud sõjavägi. Kõige rohkem oli sõdureid Eestis sõja­järgsetel aastatel, mil sõjaväge, eriti sisevägede­üksusi, kasutati vastupanu­liikumise mahasurumisel ja sisemise korra hoidmisel.

Eesti territoorium kuulus Balti sõjaväe­ringkonna koosseisu. 1991. aastaks oli Eestis 1665 erinevat militaar­objekti: umbes 160 väiksemat või suuremat sõjaväebaasi, lisaks hulgaliselt sõjaväe­linnakuid. Suuremad sõjaväe käsutuses olevad alad olid Aegviidu, Laeva, Nursi ja Värska polügoon, samuti Paldiski linn koos Pakri poolsaarega, Pakri saared ja Naissaar.

Sõjaväe kohalolek oli kohalikele elanikele rängaks koormaks. Militaarsesse kasutusse antud aladelt tuli põlis­elanikel lahkuda, arvestatav osa linnade elamis­pinnast läks armee majutamiseks. Sõjaväelaste ja tsiviil­elanike vahel tuli ette ka konflikte, eriti sõja­järgsel perioodil.

Eesti Vabariigis oli majanduse aluseks talu­majapidamisele tuginev põllu­majandus ning kohalikke maavarasid ja tööjõudu arvestav tööstus. Selle majandus­mudeli lammutamine algas juba esimesel nõukogude aastal ning jätkus ka Saksa okupatsiooni ajal. Lõplikult purustati väikeriigi oma­riikluse ajal välja­kujunenud majandus­mudel sõja­järgsetel aastatel.

Nõukogude majandus­poliitikat iseloomustas tööstuse jõuline eelis­arendamine (industrialiseerimine), põllu­majanduse sund­kollektiviseerimine (kolhoseerimine) ning jäik riiklik plaani­majandus enamikul elualadel. Nii tööstuses kui ka põllu­majanduses suretati täiesti välja erasektor. Tööstuses muutusid valitsevaks suur­ettevõtted ning põllu­majanduses maa sund­võõrandamise järel ühismajandid, s.o kolhoosid ja sovhoosid.

Käsumajandusega kaasnes massiline võõr­tööliste sissevool teistest liidu­vabariikidest. Sisse­ränne kahandas aja jooksul oluliselt eestlaste osatähtsust elanikkonnas.

Industrialiseerimine ja üleminek kolhoosi­korrale soodustasid linnastumist. 1953. aastal elas üle poole Eesti elanik­konnast linnades, 1980. aastatel aga juba üle 70% elanikkonnast. Mõned Eestimaa piirkonnad – eelkõige Virumaa idaosa suured tööstus­linnad – muutusid venekeelseks ja tühjenesid eestlastest.