В связи с Реформацией разрушилось единство католического мира, религиозные противоречия в раннее Новое время привели к расколу Европы. Гражданские войны на религиозной основе разрывали Францию, Англию, Германию, часть из них переросла в международные конфликты. К середине XVII века религиозные войны утихли, закрепились позиции различных конфессий, и ни одно государство больше не меняло вероисповедание.

Большая часть стран Южной и Восточной Европы, таких как Испания, Италия, Португалия, Франция, Южная Германия, владения Габсбургов и Польша, исповедовали римско-католическую веру. Вторым крупным «лагерем» были протестанты; в скандинавских странах и Северной Германии доминировало лютеранство; в Нидерландах, Швейцарии и некоторых германских княжествах – кальвинизм. В Англии была обособленная протестантская церковь, которую называли англиканской церковью.

Отдельно от перечисленных выходцев из римско-католической церкви находилась православная церковь, появившаяся еще в XI веке как результат церковного раскола. Православная вера господствовала в России и на бывших византийских территориях, оказавшихся под властью Османской империи: в Греции, Сербии, Болгарии. Долгое время католики и православные считали друг друга еретиками, или вероотступниками, однако в раннее Новое время начали признавать, что речь идет только о разных христианских традициях.

Несмотря на различия и значительные противоречия в главных течениях христианства, европейцы ощущали единство веры. Все верили в триединого Бога как создателя мира, повелителя и спасителя человечества и считали Ветхий и Новый Завет Словом Божьим и основанием веры. Различия состояли, например, в организации богослужений, количестве таинств, правилах целибата (католическим священникам не дозволялось жениться, в отличие от протестантских и православных священников), почитании святых (протестанты не признавали святых), монашестве (протестанты распустили монастыри) и признании авторитета Папы Римского.

Гораздо сильнее было отчуждение по отношению к нехристианским народам, о которых европейцы получали все больше информации. Более развитыми считались монотеистические (признающие единого Бога) «религии книги», такие как иудейство и мусульманство. Большое уважение проявляли и к древним цивилизациям Азии, таким как Китай и Япония, хотя и там считали необходимым провозгласить христианскую веру. Ниже всего расценивали обнаруженных в Америке и Океании «язычников» и «дикарей», обращение которых в веру считали Божьей волей, поэтому многие оправдывали их покорение, считая это великой миссией. Познание другого мира создало определенное чувство общности между всеми европейскими народами. На протяжении раннего Нового времени не пропала надежда восстановить единство христианской церкви в Европе, и многие мыслители представляли свои проекты примирения противоречий и нового объединения церкви.

Государство придавало большое значение церкви, рассматривая ее как гарантию общественного порядка. Церковь учила людей послушанию, смирению и терпению. Участие в богослужениях было обязательным. Там призывали людей следовать не только Божьим законам, но и законам государства. Неповиновение властям считалось богохульством, поскольку в Библии сказано: «Повинуйтесь наставникам вашим и будьте покорны!». Через церковь государство сообщало людям об их обязанностях. Новые законы и указы правителя зачитывали перед общиной в конце богослужения, таким образом, важная информация доходила и до неграмотных людей. Во время войн проводили общегосударственные дни молебнов, обращаясь к Богу за поддержкой оружия своего правителя.

Многие сферы, которыми сегодня занимается государство, в те времена были в ведении церкви. Например, она занималась попечительством бедных, учреждением больниц и организацией образования. В католических странах в этих сферах действовали монашеские ордены. Орден иезуитов обращал внимание на создание школ и университетов. Первым университетом на территории Эстонии была иезуитская коллегия, основанная в Тарту во времена Польского владычества. Часть благотворительных орденов посвятила себя содержанию приютов для бедных. В протестантских странах орденов не было, поэтому социальным попечительством и образованием занималась светская власть, или государство. Но содержание обучения в школах и университетах контролировали священники. В католических странах церковь осуществляла цензуру печатных изданий и составляла список запрещенных книг.

После окончания гражданских войн во многих странах оставались религиозные меньшинства, например, называвшиеся гугенотами кальвинисты во Франции или католики в Англии. Религиозные меньшинства считали угрозой стабильности и безопасности государства, поэтому им запрещали проводить богослужения или принуждали менять веру. Идеалом правителей было религиозное единство. Во Франции для прекращения религиозных войн в 1598 году был издан Нантский эдикт, который разрешал кальвинистам исповедовать свою веру. Однако Людовику XIV особые права гугенотов не понравились, и в 1685 году он отменил Нантский эдикт. Кальвинистов поставили перед выбором – перейти в католичество или покинуть страну. Большая часть из них эмигрировала в протестантские страны или отправилась в европейские колонии в Южной Африке и Америке. Толерантности к религиозным меньшинствам не проявляли и в протестантских странах, например, все подданные Швеции должны были быть лютеранами, и католические богослужения были запрещены.

Одно из крупных религиозных меньшинств в Европе составляли евреи, которые нигде не имели равных прав с теми, кто придерживался государственной религии. Они должны были жить на изолированной территории в гетто, им не разрешалось иметь недвижимое имущество и приходилось платить более высокие налоги.

Притеснение религиозных меньшинств не принесло ожидаемой социальной гармонии, а массовая эмиграция наносила государству серьезный экономический ущерб. В XVIII веке стали все больше пропагандировать религиозную терпимость, или толерантность. Суть ее заключалась в том, что представитель иной веры тоже может быть верноподданным и хорошим гражданином, и что вера – это дело совести каждого, в которое не должно вмешиваться государство. Славу самого толерантного правителя завоевал австрийский император Иосиф II, который в 1781 году предоставил свободу вероисповедания лютеранам, кальвинистам и православным, а годом позже и евреям.