Esimesed nunnakloostrid asutati Euroopas mõnevõrra hiljem kui mungakloostrid, s.o 7.–8. sajandil. Üldiselt kujunes enamikul vaimulikel mungaordudel välja oma naisharu, kuid enamasti jäi see meesharuga tihedalt seotuks, sest naistel polnud lubatud vaimulikena tegutseda. Mungad olid nunnade pihiisad, pidasid neile jumalateenistusi ja jutlusi. Nunnakloostri eesotsas oli abtiss.

Nunnaks võis saada juba 14–15-aastaselt. Enne seda teeniti kloostris noviitsina. Kloostrisse astudes tuli anda eluaegse vaesuse ja tsölibaadi vanne ning tõotada kuulekust kloostrireeglitele ja -juhtidele. Kloostrielu oli naisele pere- ja abielu alternatiiv. Siiski ei pruukinud kloostrisse astumine olla alati vabatahtlik, selle otsustasid tütarlapse eest tavaliselt tema vanemad või sugulased. Levinud oli ka see, et lesestunud naised mitte ei abiellunud uuesti, vaid läksid kloostrisse.

Nunnakloostreid oli keskajal Euroopas vähem ning need olid väiksemad ja vaesemad kui mungakloostrid. Eestis tegutses keskajal neli nunnakloostrit: naistsistertslased Lihulas, Tallinnas ja Tartus ning birgitiinid Pirital. Neist enamik oli mõeldud aadlipreilidele. Linnakodanike tütreid võttis vastu üksnes Pirita klooster.

Nunnaks saades pidid naised tooma kloostrile oma kaasavara. See võis olla väiksem kui abiellumise puhul ning just sel põhjusel pandi tütred sageli kloostrisse. Klooster pakkus naistele turvalisust ja kindlustas neile kõik eluks vajaliku. See oli eriti oluline kõrgkihi naistele. Neil peaaegu polnud võimalust iseseisvalt toime tulla, sest seisus ei lubanud tööga elatist teenida. Klooster pakkus isegi mõningast karjäärivõimalust ning andis teatava mõjuvõimu ühiskonnas. Lihtrahva hulgas olid aga nunnakloostrid sageli halva kuulsusega ning tütre kloostrisse saatmist võrreldi lõbumajja panemisega.

Keskajal pakkus klooster naisele eneseteostusvõimalust, mida perekonnale ja lastekasvatamisele orienteeritud ilmalik elu ei võimaldanud. Seepärast leidub selle aja haritud ja ühiskondlikult mõjukate naiste hulgas palju nunni. Klooster oli omamoodi kultuurioaas, kus naistel oli võimalus pühenduda raamatutarkuse, teaduste ja kaunite kunstide teenimisele. Nunnad kirjutasid ümber ja illustreerisid vanu raamatuid ja käsikirju.

Nunnakloostrite juures tegutsesid koolid, kus õppisid nii nunnad kui ka naised, kes ei kavatsenud kloostrisse jääda. Kord oli nunnakloostris küllaltki range. Magati kõvadel õlgmattidel, kloostri eeskirjast mittekinnipidamist karistati karmilt. Kuid kloostris korraldati ka pidusid ja võõrustati külalisi.

Ajalugu tunneb palju intellektuaalselt võimekaid ja ühiskondlikult mõjukaid naisi, kes olid valinud kloostrielu. Üks põnevamaid ja hämmastavamaid isiksusi oli kahtlemata Bingeni Hildegard (1098–1179). Ta oli pärit aadliperekonnast ning astus juba noores eas benediktlaste nunnakloostrisse. Hiljem sai ta selle kloostri abtissiks. Hildegard kirjutas teadustöid väga mitmest valdkonnast: ajaloost, meditsiinist, teoloogiast, loodusteadustest. Peale selle komponeeris ta muusikat ja maalis. Hildegard pidas oma kloostri nunnadele isegi jutlusi. Kuna naistel oli keelatud teha seda kiriku altariruumis, jutlustas ta kiriku õues. Ta oli kirjavahetuses oma aja võimsamate valitsejatega: keiser Friedrich I Barbarossaga ja paavst Eugenius III-ga. Pärast surma kuulutati ta pühakuks.

Teine tähelepanuväärne naine, kes samuti pühakuks kuulutati, oli Siena Katariina (1347–1380). Jõuka värvali tütrele said juba lapsena osaks müstilised nägemused. Katariina astus dominiiklaste ordusse ning pühendus haigete ja vaeste hooldamisele. Ta osales ka poliitikas, näiteks nõudis ta 14. sajandil Prantsusmaale Avignoni ümber asunud paavstide tagasipöördumist Rooma.

Pühakuks kuulutati ka Birgitta Rootsist (1303–1373). Rootsi kõrgaadli hulka kuuluv Birgitta asus pärast oma mehe surma tsistertslaste kloostrisse elama, kuid nunnaks teda ei pühitsetud. Seal pani ta kirja endale osaks saanud taevased ilmutused. See teos võitis suure populaarsuse. Birgitta oli ka tegev poliitikas ning kritiseeris teravalt kirikuelu väärnähtusi. 1370. aastal sai ta paavstilt loa uue vaimuliku ordu rajamiseks. Birgitiinide peaklooster asus Rootsis Vadstenas, üks selle tütarkloostritest rajati ka Eestisse Piritale. Birgitiinide kloostrid olid kaksikkloostrid, kus mungad ja nunnad elasid üksteisest rangelt eraldatuna ühe katuse all.

Begiinide ühingud olid naiste usulised ühingud, mis seisid kloostri ja ilmaliku maailma vahepeal. Begiinid ei andnud kloostritõotust ega kandnud nunnarüüd. Nende eesmärk oli elada vaeselt ja tagasitõmbunult Jumalale meelepärast elu. Nad elatusid käsitööst, näiteks kudusid ja tikkisid. Samuti tegelesid nad haigete ravitsemise ja hooldamisega. Esimesed begiinide majad rajati 12. sajandil Madalmaades. Järgmisel sajandil levis see liikumine üle kogu Euroopa. Riiast on begiinidest teateid juba 13. sajandi lõpust, Tallinnast aga alles 15. sajandi algusest.

Begiinide liikumise levik väljendas naiste iseteadvuse tõusu keskajal. See oli vagade naiste reaktsioon jõukuse kasvule ja selle erilisele väärtustamisele rikastes kaubalinnades. Kirik vaatas begiinidele kohati halva pilguga ja süüdistas neid ketserluses, sh nõidumises, ning ajuti keelas paavst isegi nende tegevuse.