Rootsi kasvas 17. sajandil suurriigiks, mis hõlmas paljusid Läänemere-äärseid maid. Neil maadel oli oma ajalugu ja õigus­kultuur ning neis räägiti eri keeli (rootsi, soome, saksa, eesti, läti jt). Mis sidus Rootsi suurriigi ühtseks tervikuks? Tähtsaim ühtsuse alus oli muidugi allumine Rootsi kuningale, ent Rootsi riiki ühendas ka luteri usk, mis kehtis ühtviisi nii emamaal kui ka kõigis provintsides. Rootsi riik ei lubanud kellelgi kõrvale kalduda ametlikult heakskiidetud õpetusest, ammugi mitte viljeleda katoliiklust või teisi nn vääruske.

Valitsejad pidasid oma kohuseks tagada, et luterlik jumalasõna jõuaks kõigi alamateni. Maiste toimetuste juures ei tohtinud keegi unustada kõige olulisemat – hingeõnnistust. Kirikuõpetajate ehk pastorite tööks oli inimeste eest palvetada ja manitseda neid mitte pattu tegema, et pärast surma paradiisi, mitte põrgusse jõuda. Samuti oli vaja hoolitseda selle eest, et kõik inimesed saaksid ristitud, leeritatud, laulatatud ning lõpuks maha maetud. Pastorite lisaülesandeks oli alamatele uutest seadustest ja korraldustest teada anda.

Kõige selle jaoks oli tarvis kogu maad katvat kirikute võrku. Maa oli jaotatud kihelkondadeks, mille keskel asus kihekonnakirik. Kiriku­õpetajal võis olla abiks köster. Pastor elas pastoraadis, mille juurde kuulus maatükk. Igal pühapäeval ning kiriklikel pühadel peeti jumala­teenistusi, kus oli kohustuslik osaleda: inimesed pidid ühe päeva nädalas pühendama Jumalale. Hõredalt asustatud piirkondades jäi lähim kirik paljudest taludest siiski nii kaugele, et näiteks teede­lagunemis­ajal polnud võimalik jumala­teenistusele minna. Vahel tuli ametivõimudel aadlikke manitseda, et nad laupäeva õhtu ja pühapäeva ikka teotööst vabaks annaksid, et talupojad jaksaksid kirikusse tulla ja seal magama ei jääks. Talupojad oma praktilise meelega siiski tervet päeva Jumalale ei kulutanud, vaid ühendasid kirikus käimise muude tarviliste toimetustega, näiteks laadal kauplemisega.

Kui Rootsi riik hakkas pärast suuri sõdu kirikuelule rohkem tähelepanu pöörama, selgus, et olukord on väga kehv. Paljud kirikuhooned olid varemetes või katuseta. Saksamaalt või Soomest tulnud pastorid ei osanud kohalikku keelt, mistõttu talurahvas ei saanud jutlusest aru. Mõnes koguduses polnud üldse õpetajat. Eriti tegi riigivõimudele muret olukord Liivimaal, mis oli Poola ajal tagasi katoliiklusesse pööratud.

Rootsi riik rakendas mitmesuguseid abinõusid olukorra parandamiseks. Aadlilt nõuti kirikute rahalist toetamist. Hakati kontrollima pastorite ametioskusi. 1686. aastal kehtestati kogu Rootsi riigis uus kirikuseadus, mis jõustus ka Eesti- ja Liivimaal. Selle seaduse kohaselt hakkas pastoreid ametisse nimetama riigi­võim. Samuti hakati kõikjal pidama kirikuraamatuid, kuhu märgiti sünnid, ristimised, laulatused ja surmad. Kirikuraamatud on oluline allikas perekonnaloo uurimisel.

Lutheri õpetus nägi ette, et iga inimene peab suutma ise jumala­sõna lugeda, kuid Eestis olid Rootsi aja algul vaid saksakeelsed linnakoolid, kuhu pärisoristel talupoegadel polnud asja. Kihel­konnakiriku juures õpetas köster talulastele natuke katekismust ja palveid, aga peaaegu mitte keegi ei õppinud lugema ega kirjutama. 17. sajandi teisel poolel hakkas Rootsi riik tegelema rahvahariduse edendamisega. Kõigepealt oli vaja välja õpetada eesti keelt oskavad koolmeistrid. Selleks asutati 1684. aastal Tartu lähedale õpetajate seminar, mida asus juhtima pastori poeg Bengt Gottfried Forselius. Forseliuse seminaris sai haridust umbes 150 talupoissi, kes hakkasid õpetama vast rajatud talurahvakoolides. Valitsus andis korralduse, et iga kiriku juurde tuleb ehitada talu­rahvakool ja et aadel peab ehitust toetama ning õpetajale maatüki eraldama.

Igal pool siiski kooli loomiseni ei jõutud ning Põhjasõda lõpetas ka paljude juba asutatud koolide tegevuse. 1730. aastatel hakkasid Balti provintside kirikuvõimud taas rahvaharidust arendama. 1780. aastaks oli Eestis kokku juba 550 talurahvakooli. Kooliaasta kestis mardi­päevast lihavõteteni. Enamasti käisid lapsed koolis mõne talve, kuni said selgeks lugemise ja katekismuse. On arvestatud, et ligikaudu pool kuni kaks kolmandikku talurahvast oskas 18. sajandi lõpuks lugeda, kuid kirjutamisoskus oli veel väga haruldane.

Liivimaal ei olnud keskajal oma ülikooli ning siinsed saksa noor­mehed käisid õppimas peamiselt Saksamaal. Poola ajal asutati Tartusse katoliiklik gümnaasium, aga selle tegevus lõppes 1625. aastal, kui linn läks Rootsi riigi kätte. Rootsi võimud pidasid vajalikuks ka uutesse provintsidesse ülikool rajada, sest riik vajas õpetatud pastoreid, riigiametnikke, juriste ja arste. Asukohaks valiti Tartu, sest see paiknes enam-vähem Balti provintside keskel. Ülikoolide jaoks peetigi sobivamaks väikelinnakeskkonda – ka Rootsi tolle aja ainus ülikool asus pealinnast Stockholmist eemal Uppsalas. Tartus tegutses tollal ka Liivimaa provintsi­valitsus eesotsas kuningas Gustav Adolfi endise õpetaja Johan Skyttega. Skytte oligi ülikooli rajamise eestvõitleja ja tegelik organisaator.

Enne ülikooli pidid olema aga koolid, mis annaks ülikooli astumiseks vajaliku eelhariduse. Selleks loodi 1630. Tartusse ja 1631. aastal Tallinna akadeemiline gümnaasium, kus õpiti ladina keeles teoloogiat, loogikat, ajalugu ja teisi aineid. 1632. aastal jõuti viimaks ülikoolini. Tartusse tuli õppima nii baltisakslasi kui ka rootslasi ja soomlasi. Johan Skytte kuulutas, et ülikool on avatud ka talupoegadele, ent see jäi vaid loosungiks: pärisorjadel polnud võimalik oma lapsi isegi linnakooli, ammugi mitte gümnaasiumisse või ülikooli saata.

Nagu Euroopas tavaks, oli ülikoolis neli teaduskonda ning õppe­keeleks ladina keel. Algul õppisid kõik mitu aastat filosoofia­teaduskonnas nn vabu kunste: filosoofiat, poliitikat, ladina ja kreeka keelt ning ajalugu. Seejärel sai valida, kas jätkata õpinguid teoloogia, õigusteaduse või meditsiini vallas. Lisaks olid ülikooli palgal vehklemismeister ning tantsu- ja muusikaõpetaja.