Reformatsiooniga oli läinud kaotsi katoliikliku maailma ühtsus ning varauusajal lõhestasid usuvastuolud kogu Euroopat. Religioonist innustatud kodusõjad räsisid nii Prantsusmaad, Inglismaad kui ka Saksamaad ning osa neist paisus rahvus­vahelisteks konfliktideks. 17. sajandi keskpaigaks ususõjad vaibusid, erinevate konfessioonide positsioonid kindlustusid ning ükski riik enam usku ei vahetanud.

Suurem osa selliseid lõuna- ja idapoolse Euroopa maid nagu Hispaania, Itaalia, Portugal, Prantsusmaa, Lõuna-Saksamaa, Habsburgide valdused ja Poola tunnistasid roomakatoliku usku. Teiseks suureks leeriks olid protestandid. Katoliku kiriku ühtsuse tagas Rooma paavst, protestandid aga nii ühtsed ei olnud, vaid jagunesid erinevate suundade ja riigikirikute vahel. Skandinaavia maades ning Põhja-Saksamaal valitses luterlus; Madalmaades, Šveitsis ja mõnedes Saksa vürstiriikides kalvinism. Inglismaal oli omaette protestantlik kirik, mida nimetati anglikaani kirikuks.

Kõigist neist roomakatoliku kiriku järglastest eraldi seisis veel kreekakatoliku ehk õigeusu kirik, mis oli tekkinud juba 11. sajandil Suure skisma ehk usulõhe tagajärjel. Õigeusk valitses Venemaal ja Osmanite impeeriumi alla langenud endistel Bütsantsi aladel (Kreeka, Serbia, Bulgaaria). Pikka aega pidasid katoliiklased ja õigeusklikud üksteist hereetikuteks ehk vale­usulisteks, ent varauusaja jooksul hakati tunnistama, et tegemist on lihtsalt erinevate kristlike traditsioonidega.

Hoolimata kristluse peavoolude erinevusest ja suurtest vastu­oludest, tajusid eurooplased siiski usulist ühtsust. Kõik nad uskusid kolm­ainu Jumalat kui maailma loojat, valitsejat ja inim­konna päästjat ning Vana ja Uut Testamenti peeti Jumala sõnaks ja usu aluseks. Erinevused seisnesid näiteks jumalateenistuse korralduses, sakramentide arvus, tsölibaadireeglites (katoliku preestrid ei tohtinud abielluda, protestantlikud ja õigeusu vaimulikud aga küll), pühakute kultuses (protestandid ei tunnistanud pühakuid), munkluses (protestandid saatsid kloostrid laiali) ja paavsti autoriteedi tunnustamises.

Hoopis suuremat võõristust tunti aga mittekristlike rahvaste suhtes, kelle kohta jõudis eurooplasteni järjest enam teavet. Arenenumateks peeti monoteistlikke (ühtainust Jumalat tunnistavaid) „raamatureligioone“, näiteks juute ja moslemeid. Ka vanadest Aasia tsivilisatsioonidest nagu Hiina ja Jaapan peeti üsna palju lugu, kuid peeti vajalikuks nendelegi ristiusku kuulutada. Kõige madalamalt hinnati Ameerikas ja Okeaanias avastatud „paganaid“ ja „metslasi“, kelle ristiusku pööramist peeti Jumala tahteks, mistõttu paljude arvates oli lisaks misjonile õigustatud ka vallutus. Muu maailma tundma­õppimine lõi teatava kokkukuuluvustunde kõigi Euroopa rahvaste vahel. Varauusaja jooksul ei kadunud lootus taastada Euroopa kristliku kiriku ühtsus ning mitmed mõtlejad esitasid projekte, kuidas vastu­olusid lepitada ning kirik taas ühendada.

Riik pidas kirikut oluliseks, sest nägi selles ühiskondliku korra tagajat. Kirik õpetas inimestele kuulekust, alandlikkust ja kannatlikkust. Jumalateenistustel osalemine oli kohustuslik. Seal manitseti inimesi järgima mitte ainult Jumala, vaid ka riigi seadusi. Valitsejale vastu­hakkamist peeti jumalateotuseks, sest piiblis on öeldud: „Olge kuulekad oma valitsejatele ja alistuge neile!“ Kiriku kaudu sai riik inimestele nende kohustustest teada anda. Uued seadused ja valitseja korraldused loeti jumala­teenistuse lõpus kogudusele ette, nii jõudis oluline info ka kirja­oskamatuteni. Sõdade ajal korraldati üleriigilisi palvepäevi, kus paluti Jumala toetust oma valitseja relvadele.

Paljud valdkonnad, millega tänapäeval tegeleb riik, olid tollal hoopis kiriku vastutada. Näiteks tegeles kirik vaestehoolekandega, rajas haigemaju ning korraldas kooliharidust. Katoliiklikes maades tegutsesid neis valdkondades mitmesugused ordud. Jesuiitide ordu pööras erilist tähelepanu koolide ja ka ülikoolide rajamisele. Eesti ala esimene ülikool oli Tartus katoliikliku Poola võimu ajal asutatud jesuiitide kolleegium. Osa heategevaid ordusid pühendus vaestemajade pidamisele. Protestantlikes maades ordusid ei olnud, mistõttu sotsiaalhoolekande ja haridusega hakkas tegelema ilmalik võim ehk riik. Ent koolide ja ülikoolide õpetuse sisu kontrollisid siiski kõikjal vaimulikud. Katoliiklikes maades tsenseeris kirik trükiseid ning pidas keelatud raamatute nimekirju.

Paljudesse riikidesse jäid pärast kodusõdade lõppu usulised vähemused, näiteks hugenottideks kutsutud kalvinistid Prantsusmaal või katoliiklased Inglismaal. Usulisi vähemusi peeti ohuks riigi stabiilsusele ja julgeolekule, seetõttu tehti neile kõik­võimalikke kitsendusi, neil keelati oma jumalateenistusi pidada või sunniti neid usku vahetama. Valitsejate ideaaliks oli usuline ühtsus. Prantsusmaal oli ususõdade lõpetamiseks antud 1598. aastal välja Nantes’i edikt, millega lubati kalvinistidel oma usku viljeleda. Kuningas Louis XIV-le aga hugenottide eriõigused ei meeldinud ning 1685. aastal tühistas ta Nantes’i edikti. Kalvinistidele anti valida, kas astuda katoliku usku või maalt lahkuda. Suurem osa neist asuski ümber protestantlikesse riikidesse või rändas Euroopa kolooniatesse Lõuna-Aafrikas ja Ameerikas. Usulisi vähemusi ei sallitud ka protestantlikes maades, näiteks kõik Rootsi riigi alamad pidid olema luterlased ning katoliiklikud jumalateenistused olid keelatud.

Ühe suure Euroopa usuvähemuse moodustasid juudid, kel polnud kusagil riigiusulistega võrdseid õigusi. Nad pidid elama eraldatud territoorumil getodes, ei tohtinud kinnisvara omandada ja maksid sageli kõrgemaid makse.

Usuliste vähemuste tagasikiusamine ei toonud siiski loodetud ühiskondlikku harmooniat ning massiline väljaränne tekitas riigile suurt majanduslikku kahju. 18. sajandil hakati järjest rohkem pooldama usulist sallivust ehk tolerantsust. Selle mõte oli, et ka teiseusuline võib olla truu alam ja hea kodanik ning usk on rohkem isikliku südametunnistuse asi, millesse riik ei peaks sekkuma. Kõige tolerantsema valitseja kuulsuse omandas Austria keiser Joseph II, kes andis 1781. aastal usuvabaduse luterlastele, kalvinistidele ja õigeusklikele ning aasta hiljem ka juutidele.