Rootsi aja lõpuks oli Eesti alal kümme linna: Tallinn, Tartu, Viljandi, Pärnu, Haapsalu, Paide, Rakvere, Narva, Kuressaare ja Valga. 18. sajandil asutati veel kaks linna: Paldiski ja Võru. Kõige tähtsam ja suurem linn oli Tallinn, kus 17. sajandi lõpul elas 12 000 inimest. Põhjasõda ja katk tegid ka linnades laastamis­tööd. Näiteks langes Tallinna elanike arv 1710. aastal 2000-le inimesele ning alles 18. sajandi lõpuks jõudis see Rootsi aja tasemele.

Rootsi ajal sai Eesti ala suuruselt teiseks linnaks Narva. Narval oli suurepärane asukoht Venemaa ja Lääne-Euroopa vahelisel kauba­teel. Tollaste reeglite järgi ei tohtinud välismaalased omavahel kaubelda. Seega ei tohtinud Narva sadamasse seilanud Inglise ja Hollandi kaupmehed oma kaupu müüa otse venelastele, vaid pidid need müüma narvalastele, kes müüsid need vaheltkasuga Vene kaupmeestele edasi. Venemaale müüdi soola, heeringat, tubakat ja veini. Samamoodi vahendasid Narva kaupmehed Venemaalt pärit kaupu. Euroopasse naasvate laevade lastiks olid põhiliselt Venemaalt pärit laevaehitus­materjalid lina ja kanep (purjede ja köite valmistamiseks), puitplangud ja mastipuud. Peagi said narvalased nii jõukaks, et vanade puumajade asemele ehitati barokses stiilis uhke kivist linn. Kahjuks hävis Narva vanalinn 1944. aasta märtsipommitamises.

Keskajal Eestis suuruselt teine linn Tartu jäi aga nüüd olulistest kauba­teedest kõrvale ning oli saanud ka sõdades kõvasti kannatada. Tartu tähtsust suurendasid siiski Rootsi võimude asutatud ülikool ning Liivimaa kõrgeim kohus. 18. sajandi lõpul elas linnas ligi 4000 inimest. Umbes sama suur linn oli soodsa asukohaga Pärnu, mille sadama kaudu veeti välja puitu ja vilja. Kuna Pärnust oli oluliselt lihtsam Rootsiga sidet pidada, viidi Tartu ülikool 17. sajandi lõpul sinna üle.

Nagu mujalgi Euroopas, oli linnades juhtpositsioon kaupmeeste käes, ehkki arvuliselt olid nad vähemuses. Linna juhtis raad, millel oli nii seadusandlik, täidesaatev kui ka kohtuvõim. Rae­härra amet oli eluaegne ning tema surma korral valis raad kaup­meeste suurgildi liikmete seast uue raehärra. Rae etteotsa valiti linnapea ehk bürger­meister (mõnes linnas oli neid mitu). Nende ametite pidamise eest palka ei makstud – kõrge linnaamet oli auasi, ent see võimaldas tähtsamatel kaupmeheperedel ka oma huvide eest seista.

Tallinnas olid 17. sajandi lõpul linnakodanikest u 10% kaup­mehed, 30% käsitöömeistrid ning ülejäänud 60% olid sellid, õpi­poisid ja mitme­suguste alamate ametite pidajad. Aadlike linna­majad koondusid ülalinna ehk Toompeale. Kõikides Eesti linnades olid eestlased vähemuses ning kuulusid madalamate kihtide hulka. Kõige rohkem oli linnaelanike seas sakslasi, kelle kontrolli all olid nii suurgild kui ka käsitööliste gildid. Ent linnade rahvuslik koosseis oli üsna kirju: Tallinnas elas ka rootslasi ja soomlasi, Tartus oli üsna suur vene kogukond ning Narva kolis Rootsi ajal inglise, šoti ja hollandi päritolu kaupmehi.

Kaupmeeste põhiline huvi oli kindlustada oma monopol ehk ainuõigus maapiirkondades toodetud kaupa välismaale eksportida. Tollase arusaama järgi oli igal seisusel oma õigus­pärane elatusallikas ning teiste seisuste tungimist sellele elualale peeti õiguste riivamiseks. Samamoodi üritas ka aadel takistada kodanlaste pääsu riigiametitesse ning hoidis sõjaväelisi ameteid kindlalt enda käes. Linnade kaubandus­monopolist proovisid aadlikud aga mööda hiilida ning müüa oma mõisates toodetud vilja otse välismaa kaupmeestele. Riigivõim kaitses Tallinna huve: Rootsi ajal piirati aadlike õigus sadamas vilja müüa paarile nädalale aastas ning Vene ajal keelati see sootuks.

Teiseks linnakodanlaste põhihuviks oli võimalikult vähe makse maksta. See soov põrkus aga valitseja huvidega, kellele kaubanduse maksustamine oli üks põhilisi sissetulekuallikaid. Peaaegu pool riigi tuludest Eesti- ja Liivimaalt tuli kaubandus­tollidest. Siinsed kaup­mehed pidid tolli maksma ka Rootsi ema­maale veetava vilja pealt, sest Rootsi ja selle Balti provintside vahel oli tollipiir. Samasugune tollipiir kehtis hiljem Venemaa siseprovintsidega.

Linnade ja riigivõimu suhted läksid teravaks Gustav II Adolfi ajal (1611–1632), sest kuningas vajas sõdade finantseerimiseks raha ning seadis riigis sisse uusi makse. Üks selliseid oli väiketoll ehk käibemaks igapäevastele toiduainetele. Eriti jõuliselt protesteeris väiketolli vastu Tallinn, sest tal oli 1561. a privileegide tõttu tugevam õiguslik seisund kui teistel Eesti ala linnadel.

Käsitöö alal säilis tsunftikord, mis tähendas, et kindlat käsitöö­ala võisid viljeleda vaid vastava tsunfti liikmed ning meistrite arv oli rangelt piiratud. Sellega tagati piisavalt kõrge hinnatase, mis sobis küll tootjatele, aga ei meeldinud ostjatele. Linnakäsi­töölistega konkureerisid mõisates tegutsevad meistrid, kelle käest ka talupojad said vajalikke asju osta. Kuna talupoegadel polnud kunagi üleliigset raha, siis valmistasid nad võimalikult palju asju ise (riided, jalanõud, puust tööriistad, mööbel, pütid jms) ning osa toodangust viidi isegi linna turule.

Kõigi seesuguste väikeste käsitöökodade tooted olid suunatud siseturule. Riigi eestvõttel hakati 17. sajandil aga asutama ka manufaktuure, mille toodangut oleks võimalik eksportida. Näiteks rajati Tallinna paberimanufaktuur. Mõisatesse ehitatud manufaktuurides oli võimalik kasutada pärisorjade tööjõudu. Rootsi aadlikud De la Gardieʼd ehitasid oma Hiiumaa mõisasse klaasi­manufaktuuri, kus tehti nii aknaklaasi kui ka pudeleid. Ka 18. sajandil rajasid ettevõtlikumad mõisnikud manufaktuure. Tuntumad olid Räpina mõisa paberivabrik ja Põltsamaa peegli- ja portselanivabrik.