Umbes 1000. aastaks oli suurem osa Euroopa elanikest kristlased. Nad uskusid ühte ainsasse Jumalasse ja kuulusid ühte kogukonda, katoliku kirikusse, mille pea oli Rooma paavst. Kirik oli keskaegse Euroopa peamine ühendaja.

Kirik koosnes paljudest piiskopkondadest, mida valitsesid piiskopid. Piiskop jutlustas oma peakirikus ehk katedraalis ja kandis ülemkarjasena vastutust kõige eest, mis tema piiskopkonna kirikutes toimus. Samuti pidi piiskop haldama kirikule kuuluvaid, enamasti üsna suuri maavaldusi. Neist saadud sissetulekutega ehitati uusi kirikuid, telliti kunstiteoseid, hoiti käigus kooli.

Katedraali juures tegutses ka piiskopkonna kõrgem vaimulike kogu, mida nimetatakse toomkapiitliks. Selle liikmed toomhärrad (tavaliselt oli neid 12) aitasid piiskoppi jumalateenistuste pidamisel ja kiriku varade valitsemisel. Mõnel pool oli neil ka õigus piiskoppi valida.

Piiskopkonnad olid jagatud nii linnas kui ka maal kirikukihelkondadeks, mille eest hoolitsesid kogudusepreestrid. Kihelkonna usuelu keskus oli kihelkonnakirik. Seal käidi pühapäeviti jumalateenistusel, abielluti, ristiti lapsi, palvetati surnute eest, kes olid maetud kiriku juurde kalmistule.

Kõik vaimulikud moodustasid ühiskonnas eraldi seisuse, mis arvati olevat püham ja asuvat Jumalale lähemal kui muud seisused. Vaimulikelt eeldati täielikku kirikutööle pühendumist: nad pidid elama tsölibaadis, st ei tohtinud abielluda. Vaimulike väliseks tunnuseks oli tonsuur e paljakspöetud lagipea ja eriline riietus.

Varakeskajast alates hakkas paavsti võim kirikus järjest suurenema. 5. sajandil oli tema otsustel suurem kaal kui teistel piiskoppidel. 12. sajandiks oli aga paavstist saanud tõeline kiriku ülemvalitseja. Ta määras ametisse piiskoppe ja tähtsamaid vaimulikke, saatis valitsejate juurde erisaadikuid ning talle allusid suurte kloostrite abtid. Samal ajal hakkasid paavstid nõudma kiriku sõltumatust ilmalikust võimust. Nad väitsid, et paavst on Jumala otsene esindaja, mistõttu peaksid kõik inimesed, ka kuningad ja keisrid, paavstile alluma. 12.–13. sajandi paavstid algatasid suuri sõjakäike (ristisõdu) ning mängisid tähtsat rolli Põhja- ja Ida-Euroopa rahvaste ristiusustamisel.

Kiriku valitsemiseks ja üha kasvava hulga üksikküsimuste korraldamiseks töötas Roomas palju ametimehi, kellest moodustus paavsti õukond ehk kuuria. Mõned tähtsamad vaimulikud määras paavst oma lähimateks abilisteks ja nõuandjateks ehk kardinalideks. Selle tiitli omanikel oli kohustus endi seast uus paavst valida.

Kogu kirikut puudutavate küsimuste arutamiseks võis paavst kokku kutsuda kõigi piiskoppide nõupidamise ehk kirikukogu.

Vaimulike põhiülesanne on kõigil aegadel olnud jumalateenistuste pidamine ja Jumala armu vahendamine. Ent keskajal oli kirikul ühiskonnas hoopis laiem tegevusväli.

Ajal, mil riik vaeste ja haigete eest veel ei hoolitsenud, tegi seda kirik. Kloostrite juures tegutsesid haigetoad ning linnades seegid, mida pidasid vaimulikud. Kõigil ristiinimestel soovitas kirik endast vaesemate ja viletsamate suhtes halastust ilmutada, sest vaid sel kombel võisid ka rikkamad taevariiki pääseda.

Ka hariduse andmine ja uute teadmiste kogumine oli keskajal täielikult kiriku ülesanne. Esimesi teadmisi saadi kloostri-, katedraali- ja linnakoolides vaimulike käe all. 12.–13. sajandil asutatud esimesed ülikoolid allusid otse paavstile ja professoritena tegutsesid seal samuti vaimulikuseisuses inimesed. Sealjuures ei õpetanud nad üksnes teoloogiat (usuteadust), vaid kõiki valdkondi (filosoofiat, kunstialasid, meditsiini, õigusteadust).

Kirik püüdis kõige kaitsetumate ühiskonnakihtide eest seista ja aadlike omavahelist vägivalda vähendada. Näiteks keelati kirikust väljaheitmise ähvardusel sõjapidamine neljapäeva õhtust pühapäeva õhtuni ning vahendati relvakonfliktides rahuläbirääkimisi. Aadlikele seati eeskujuks kristlik rüütel, kes kaitseb kõige nõrgemaid ja teenib, relv käes, kirikut, osaledes ristisõjas moslemite ja paganate vastu. Põgenikud ja tagakiusatud võisid leida pühakodadest varju, seal ei tohtinud keegi neid kinni võtta. Samuti seisis kirik selle eest, et suguvõsad ei sunniks oma noori liikmeid vägisi abielluma (pruudilt ja peigmehelt hakati nõudma avalikku jah-sõna) ja et abielumehed ei hülgaks oma naisi.

Kuid sellel, et kirikul oli ühiskonnas suur võim, oli ka oma varjukülg. Paljud piiskopid ja abtid kuulusid valitsejate lähikonda ja pühendusid eelkõige riigiasjade korraldamisele. Saksa aladel oli terve rida vürstpiiskoppe, kellel oli oma piiskopkonnas nii vaimulik kui ka ilmalik võim ja kelle eluviis sarnanes seetõttu pigem ilmalike valitsejate omaga. Nii mõnelegi vaimulikule isandale muutus maiste varade kogumine ja valitsemine tähtsamaks kui hingekarjase kohustused. Kirik rikastus ja eemaldus oma algsetest ideaalidest.

Vaimulikke oli keskajal palju. Sellesse seisusesse ei satutud üksnes kutsumuse ajel, vaid palju sagedamini vanemate otsusel. Pere noorematel poegadel, kel puudus väljavaade isa pärandusest osa saada, oli see pea ainus võimalus elus edasi jõuda. Suure raha eest sai oma lähikondlastele kirikuameteid pahatihti lausa osta. Seepärast kõlab keskajal vaimulike aadressil alatasa süüdistusi selles, et nad ei käi ise kristliku õpetuse ja kiriku reeglite järgi: on ahned ja võimukad, otsekui hundid lamba nahas. Isegi kloostrites kippusid mungad ja nunnad kergesti ilmalike naudingute küüsi sattuma. Kõige sagedamini pandi neile süüks liigsöömist ja -joomist.