Mõne aastakümnega levis reformatsioon üle kogu Kesk- ja Põhja-Euroopa. Kriisist ülesaamiseks kutsus paavst Paulus III 1545. a Põhja-Itaalia linnas Trentos kokku kirikukogu. Koos vaheaegadega kestis see ligi paarkümmend aastat (1545–1563). Selle aja jooksul peetud istungitel vaatas katoliku kirik üle oma senise pärandi ning pani aluse kiriku uuendamiseks. Tänu sellele suudeti reformatsiooni edasist levikut takistada ning mõned piirkonnad taas katoliiklikuks muuta.

Trento kirikukogu otsused põlistasid usulõhe protestantidega. Nii määras kirikukogu, et ainult katoliku kirikul on õigus piiblit tõlgendada. Kõik protestantlikud õpetused kuulutati väärõpetusteks ehk ketserluseks. Piibli kõrval tunnistati jumaliku tõe kuulutajana ka kirikuisade töid ja kirikukogude otsuseid. Kirikule ja vaimulikkonnale jäi nagu keskajalgi vahendaja roll Jumala ja inimese vahel. Kinnitati, et head teod on endistviisi vajalikud pälvimaks Jumala armu. Säilis pühakute ja nende reliikviate austamine, samuti lubati neid kunstis kujutada. Kuid nõuti, et kristlik kunst ei tohi sisaldada midagi kombetut, tavatut või mittekiriklikku. Kirikule jäi õigus anda välja indulgentse, kuid keelati nende kuritarvitamine, st et indulgentse ei tohi välja anda kasusaamise eesmärgil.

Trento kirikukogul siiski mitte lihtsalt ei kinnitatud traditsioonilisi õpetusi, vaid ka muudeti, täpsustati ja puhastati vana kiriku pärandit. Oluline oli, et töötati välja hulk abinõusid, kuidas hingehoiutööd parandada. Kõige tähtsamaks peeti õigustatult vaimulike haridustaseme tõstmist. Selleks seati sisse preestrite seminarid. Lisaks peeti vajalikuks vaimulike kõlbelisuse parandamist. Keelustati ametikohtadega kauplemine. Nõuti, et piiskopid ja vaimulikud tõepoolest tegutseks oma ametikohtadel, mitte ainult ei kasseeriks nendelt laekuvat tulu. Vastasel juhul ootas piiskoppe karm karistus. Trento kirikukogul töötati välja kogu katoliku kiriku jaoks ühtne jumalateenistuse pidamise kord, kirikukeeleks jäi ladina keel.

Katoliku kiriku tugevnemisel oli oluline osa uutel vaimulikel ordudel. Nendest tähtsaim ja tuntuim on Jeesuse Selts ehk jesuiitide ordu. Selle rajas hispaania aadlik Ignatius Loyola 1534. aastal, et pühenduda katoliiklikule misjonile ja võidelda reformatsiooni vastu. Lisaks kolmele orduvandele (vaesus, tsölibaat, kuulekus) andsid jesuiidid erilise kuulekustõotuse paavstile. Jesuiidid ei eraldunud maailmast nagu keskaja mungad. Nad ei kandnud erilist ordurõivastust, vaid tegutsesid ilmikute seas ning osalesid poliitilises elus. Haridusele pöörasid jesuiidid erilist tähelepanu. Kõrgelt haritud vaimulikena õpetasid nad katoliiklikes gümnaasiumides. Neil oli ka mõju poliitikale, sest valitsejate õukondades olid nad tegevad kui nõunikud ja pihiisad.

Mõne aastakümnega muutis reformatsioon Euroopat põhjalikult. Iga päev tõi sõdu ja verevalamist. Omavahel vaenutsesid protestandid ja katoliiklased, luterlased ja kalvinistid. 16. sajandi Euroopat iseloomustavad ususõjad: verised võitlused eri usutunnistuse pooldajate vahel. Kõige ohvriterohkemaks kujunes katoliiklaste võitlus kalvinistidega Prantsusmaal ja Madalmaades (praegused Holland ja Belgia).

Prantsusmaal olid tekkinud hugenottide (nii nimetati Prantsusmaal kalviniste) linnad ja piirkonnad, kus katoliiklasest kuninga võim ei maksnud. Kuningas püüdis takistada kalvinistide esiletõusmist mitme ediktiga. 1562. a keelas ta hugenottidel usutalitused, kogunemised linnades, kirikute ehitamise, sõjajõudude pidamise. Sellest sai alguse pikk vastasseis, mis tipnes 1572. a Pärtliöö verevalamisega, mil mõne nädala jooksul tapeti ligi 30 000 hugenotti. Sõda sai sellest aga ainult uue hoo.

Madalmaad kuulusid 16. sajandil Hispaania võimu alla. Sealsetes jõukates linnades olid ülekaalus kalvinistid. Olukord pingestus, kui 16. saj keskel tõusis Hispaania troonile fanaatiline katoliiklane Felipe II. Katoliikluse positsioonide taastamiseks Madalmaades võttis ta appi inkvisitsioonikohtu ja majandusliku surve. 1568. aastal saadeti vastureformatsiooni korraldama Hispaania hertsog Alba, kes kehtestas maal karmi korra. Loodud nn verenõukogu ohvriks langes tuhandeid inimesi. Vahepeal võeti vastu isegi dekreet, mis mõistis kõik Madalmaade elanikud ketserluse tõttu surma. Ent seitse kalvinistlikku põhjaprovintsi ei loobunud protestantismist, vaid alustasid Hispaania vastu relvastatud võitlust. 1581. aastal kuulutasid nad end iseseisvaks ja lõid vabariigi.

Oli selge, et teise usutunnistusega inimeste hävitamisega pole võimalik olukorda lahendada. Tuli jõuda kompromissideni. Saksa-Rooma riigis jõuti selleni 1555. a Augsburgi usurahuga, mis andis protestantidele ja katoliiklastele formaalselt võrdsed õigused. Lepiti kokku põhimõttes „Kelle maa, selle usk“. Vürstidele anti õigus määrata oma maa usutunnistus ja alamad pidid seda tunnistama. Teiseususlisi ei tohtinud saata tuleriidale nagu ketsereid, neil oli usurahuga tagatud õigus välja rännata ehk emigreeruda.

Prantsusmaal otsis kalvinismist katoliiklusesse üle läinud kuningas Henri IV hugenottidega lepitust. Nii jõutigi 1598. a Nantes’i (loe: naant) ediktini. Katoliiklus pidi jääma riigiusuks. Hugenottidele tagas kuningas elukohavabaduse kogu riigis. Samuti lubati neil astuda riigiametisse. Nantes'i edikt kindlustas Prantsusmaal usurahu peaaegu terveks sajandiks. Inglismaal tagas kuninganna Elizabeth I 1559. a usurahu katoliiklaste ja reformitud kiriku pooldajate vahel.