К XVI веку на восточном побережье Балтийского моря – на территориях расселения эстов, ливов и латышей – еще не сформировалось единое государство. В то же время соседние государства усиливались. Швеция в начале XVI века освободилась от власти датских королей, и новая династия Ваза создала сильное государство. Финляндия также была частью Шведского королевства. Главными конкурентами шведов были датчане, под властью которых находились также Норвегия и нынешняя Южная Швеция. Благодаря своему положению, Дания контролировала вход в Балтийское море, и король получал большие суммы с пошлин, которые взимали с проходивших через пролив торговых кораблей.

На востоке уже в XV веке выросло Великое княжество Московское, которое объединилось с другими русскими княжествами, в том числе и с соседями эстов Новгородским и Псковским. На юге значительную силу представляла Польша, конница которой закалилась в боях с турками-османами. В 1569 году мощь Польши возросла, поскольку польский король стал также великим князем литовским. Возникшая Речь Посполитая (федерация Польского королевства и Литовского княжества) в те времена была крупнейшим государством в Европе.

Все эти государства постоянно держали в поле зрения земли восточного побережья Балтийского моря, потому что по ним проходили важные торговые пути между Россией и Западной Европой. Важно было избежать превращения всей этой территории во владения одного конкурента.

В начавшейся в 1558 году Ливонской войне под натиском русских войск рухнул Ливонский орден и вся система государств-епископств. Местные властители перешли под защиту польского, шведского или датского короля. В ходе дальнейших войн эстонскую территорию неоднократно делили между этими государствами в соответствии с тем, кто на данный момент был сильнее. Войны продолжались в течение 150 лет до начала XVIII века. Лишь тогда России удалось установить власть над Эстонией на два столетия.

Таким образом, в раннее Новое время и Новое время Эстонии выпала участь быть провинцией крупных государств. Это время в Эстонии можно разделить на шведский (1561–1710) и российский (1710–1918) периоды. В Южной Эстонии, или Лифляндии, шведскому периоду предшествовал польский период (1561–1629) и на Сааремаа – датский период (1561–1645).

В 1600 году территория эстов была разделена между двумя властями. Северная Эстония принадлежала Швеции, ее стали называть Эстляндской провинцией (от нем. Estland). Южная Эстония с латвийскими территориями принадлежала Польше, ее называли Лифляндской провинцией (от нем. Livland). Остров Сааремаа как отдельная провинция принадлежал Дании. Разделение территории эстов на Эстляндскую и Лифляндскую провинции сохранилось до конца царской власти. В 1917 году все территории расселения эстонцев были объединены в одну провинцию, или губернию. Это означает, что до того времени т. н. столицей северных эстонцев был Таллинн, а южных эстонцев – Рига.

Мирными договорами 1660/1661 годов Швеция утвердила свои позиции самого сильного государства в регионе Балтийского моря. Соседи не были согласны с утратой земель и ожидали подходящего момента для того, чтобы взять реванш. В одиночку они были слабее Швеции, но, действуя сообща, представляли для нее серьезную угрозу. В 1699 году Россия, Дания, Саксония и Польша создали антишведскую коалицию. Переговоры помог организовать лифляндский дворянин Иоганн Рейнгольд фон Паткуль, который вступил в конфликт со шведскими властями из-за редукции (отчуждения) имений и за это был приговорен в Стокгольме к смертной казни (см. гл. 18).

Северная война началась нападением войск польского короля Августа II Сильного на Ригу в феврале 1700 года. Запланированный как внезапный, ночной штурм все же не удался, и саксонцы приступили к осаде города. В то же время датчане напали на шведские владения в Северной Германии. Они надеялись, что молодой и неопытный король Карл XII, которому в 1697 году было всего 15 лет, не сможет защитить страну от ударов, наносимых сразу с нескольких сторон. Однако Карл проявил решительность и немедленно атаковал территории Дании, принудив ее заключить мир.

Успеху Швеции содействовало также то,что российский царь Петр I на первых порах не вступал в войну, поскольку должен был сначала завершить войну с турками. Когда в августе пришло долгожданное известие о том, что в Константинополе удалось заключить мир, царь тут же объявил войну Швеции. Русские начали осаду Нарвы. В ответ на это Карл XII погрузил свою армию на корабли и поспешил на помощь Нарве. В решающем сражении 19 ноября русские войска были полностью разгромлены. Ригу тоже удалось освободить от осадного кольца Августа Сильного.

Карл XII полагал, что Россия более не представляет опасности и направился со своими войсками в Польшу, чтобы свергнуть с трона Августа Сильного, оставив земли эстов без защиты. Под командованием генерала Шереметева русские войска и входившие в их состав татары и казаки подвергли Эстляндию и Лифляндию жестокому разорению и в 1704 году завоевали Нарву и Тарту. Поскольку царь опасался, что Карл отвоюет Тарту, он приказал угнать всех тартуских жителей в Россию и разрушить город до основания. В то же время Петр I начал проводить в России обширные и зачастую радикальные реформы. Он создал новые хорошо обученные вооруженные войска и установил во всем государстве налоговую систему для покрытия военных расходов. В 1709 году шведские войска в битве под Полтавой потерпели сокрушительное поражение от русских. Тем самым была решена судьба территории Эстонии. В 1710 году войскам Петра I один за другим сдались города Рига, Пярну и Таллинн. Согласно завершившему Северную войну Ништадтскому мирному договору (1721) прибалтийские провинции Швеции были официально присоединены к России.