Смена верховного правителя не всегда влекла за собой крупные изменения в местном укладе жизни. Новая власть нуждалась в поддержке местных правящих слоев. Поэтому за соблюдение верности им предлагали сохранение прежних прав и позиций. Так, польский король Сигизмунд Август в 1561 году предоставил привилегии лифляндским дворянам. В том же году шведский король Эрик XIV утвердил права вассалов в Северной Эстонии и права города Таллинна. Петр I предложил в 1710 году дворянству и городам Лифляндии и Эстляндии льготные условия капитуляции, которые те с благодарностью приняли. При поддержке привилегий дворяне и богатое купечество немецкого происхождения сохраняли ведущую роль в управлении эстонскими землями на протяжении всего раннего Нового времени.

Но не все правители соглашались с особыми правами для местных высших слоев. После укрепления своей власти нередко они подумывали о том, как особый порядок в провинциях уподобить порядкам в метрополии. Целью этого было желание превратить все государство в единое целое. Необходимо было получать и экономическую выгоду от присоединенных территорий. Управление отдаленными провинциями и их защита обходились недешево, а предоставленные дворянам и купцам широкие привилегии означали, что в казну государства поступало мало доходов от налогов.

Период господства Польши служит примером того, как поначалу щедрые обещания вскоре оказывались забытыми. Польский король Стефан Баторий (1576–1586) предоставил Лифляндии конституцию, в которой не было привилегий, дарованных в 1561 году Сигизмундом Августом, обещавшим немецкому дворянству исключительное право на получение должностей в провинции. Лифляндскую провинцию по примеру Польши разделили на воеводства, во главе которых поставили воевод из числа польских или литовских дворян. Три четверти всей земельной собственности принадлежало государству, а частные лены были переданы дворянству Польши и Литвы. Немцы остро ощутили снижение своей значимости. Целенаправленное ополячивание и навязывание католицизма привели к тому, что дворяне в войнах XVII века переходили на сторону Швеции.

На подчиненных Дании территориях отношения государственной власти и дворянства были стабильнее. Дания была осторожной в предоставлении дворянам привилегий, но свои обещания сдерживала. Государству здесь принадлежали две трети земель, остальная земля находилась в руках дворянства.

Самые большие привилегии имели дворяне в Эстляндии. Уже в начале XVII века шведские правители пытались установить правление здесь по примеру Швеции, обложить дворянские имения государственными налогами и освободить крестьян от крепостничества. Рыцарство отвергло все эти предложения.

В отвоеванной у Польши Лифляндии дворянство также серьезно боролось против реформаторских предложений шведских правителей. Король Густав II Адольф (1611–1632) утвердил генерал-губернатором Лифляндии своего учителя Йохана Шютте (1629–1634), который поставил целью слияние Лифляндии с остальной Швецией. Этот план не удался, и после смерти Густава Адольфа его дочь Кристина утвердила привилегии лифляндского дворянства почти в том же объеме, что и в Эстляндии.

В отличие от Польши и Дании, Шведское государство львиную долю своих землевладений передало дворянству. Если в Эстляндии первоначально в руках короны было более половины земельной собственности, то к концу эпохи правления Густава Адольфа почти вся земля была разделена между дворянами на лены. В Лифляндской провинции ранее принадлежавшие Польше земли были разделены на лены и распределены между шведской дворянской знатью – так государство вознаградило ее за вклад в многочисленные войны Швеции. Шведские собственники сами в провинциях не жили, а требовали только, чтобы эстонские и латышские крепостные крестьяне заработанные своим трудом доходы отсылали в Швецию.

Рьяное разделение земель на лены привело к тому, что Шведское государство не получало из прибалтийских провинций достаточно доходов для покрытия расходов на их защиту. Попыткам королевской власти вернуть часть земель короне (или редуцировать) противостояли как провинциальные дворяне, так и влиятельные шведские аристократы, имевшие здесь свои владения. Более решительно взялся за дело Карл XI (1660–1697), который в 1680 году установил в Швеции абсолютную монархию. В том же году было решено, что как в шведской метрополии, так и в прибалтийских провинциях следует провести большую редукцию. Для Эстляндии и Лифляндии это означало, что государству вернули имения, отведенные в шведский период под лены. Редукция не затронула имений, существовавших еще с орденских времен, а также находившихся в частной собственности в период владычества Польши и Дании.

В результате редукции государственная земельная собственность выросла в Эстляндии до 54 процентов, на Сааремаа – до 75 процентов и в Лифляндии даже до 83 процентов. Подвергшиеся редукции имения передали прежним собственникам в аренду. А чтобы в ответ на это помещики не истощили бы крестьян непосильным трудом, в арендованных имениях ввели для крестьян строго определенную повинность.

В соответствии с условиями капитуляции 1710 года царь Петр I (1682–1725, император с 1721 года) восстановил привилегии остзейского дворянства, которые к концу шведского правления оказались под ударом. Дворянам даже были возвращены редуцированные усадьбы. Систему управления прибалтийскими провинциями стали называть Балтийским особым порядком. Высшую государственную власть представляли генерал-губернаторы Таллинна и Риги, сотрудничавшие с рыцарствами и органами власти городов.

Остзейское дворянство было благодарно российским императорам за сохранение их привилегий и сохраняло им лояльность. И все же во второй половине XVIII века Балтийский особый порядок оказался под угрозой, когда императрица Екатерина II (1762–1796) внесла изменения, уподобив административную и судебную систему в провинциях общегосударственной системе. Введенная Екатериной т. н. система наместничества была ликвидирована после ее смерти, и прибалтийское дворянство получило обратно особые права. В XIX веке многие из остзейских дворян сделали блестящую карьеру в должности офицеров и высших должностных лиц в столице империи Санкт-Петербурге.