Шведское государство в XVII веке выросло в крупную державу, охватывающую множество прибалтийских земель. Различные части государства имели разную историю и правовую культуру, в них говорили на разных языках – шведском, финском, немецком, эстонском, латышском и т. д. Что соединяло большое государство в единое целое? Прежде всего, подчинение верховной власти шведского короля. Другой основой единства Шведского государства была лютеранская вера, которую одинаково исповедовали и в метрополии, и во всех провинциях. Шведское государство не дозволяло никаких отклонений от официально одобренного учения, а тем более насаждения католичества или иных «лжерелигий».

Правители считали своим долгом обеспечить, чтобы лютеранское вероучение достигло всех подданных, поскольку в земных делах никто не должен был забывать о самом важном – духовной благодати. Задачей церковных проповедников, или пасторов, было молиться за людей и наставлять их на то, чтобы они не грешили, и после смерти могли попасть в рай, а не в ад. Нужно было также заботиться о том, чтобы все люди были крещены, конфирмованы, венчаны и похоронены после смерти. Дополнительной задачей пасторов было сообщать подданным о новых законах и указах.

Для всего этого необходима была сеть церквей, покрывающая всю страну. Страна была разделена на приходы, в центре которых находилась приходская церковь. У пастора мог быть помощник – кистер. Пастор жил в пасторате, которому принадлежал земельный участок. Каждое воскресенье и в церковные праздники проводились богослужения, участие в которых было обязательным: люди должны были один день в неделю посвящать Богу. В малонаселенных регионах ближайшие церкви находились далеко от хуторов, и когда дороги становились непроходимыми, приехать на богослужение было невозможно. Иногда государство должно было напоминать помещикам, чтобы они освобождали крестьян в субботу вечером и по воскресеньям от барщины, чтобы крестьяне могли прийти в церковь и там не заснули бы. Крестьяне со своим практическим умом не посвящали Богу целый день и совмещали посещение церкви с другими необходимыми делами, например, торговлей на ярмарке.

Когда Шведское государство после окончания больших войн стало больше обращать внимания на церковную жизнь, выяснилось, что положение крайне плачевное. Многие церковные здания представляли собой развалины или остались без кровли. Приехавшие из Германии или Финляндии пасторы не знали местного языка, поэтому крестьяне не понимали их проповедей. В некоторых общинах вообще не было пастора. Особенно беспокоило государственную власть положение дел в Лифляндии, которая в польский период была вновь обращена в католичество.

Шведское государство предприняло ряд мер для улучшения ситуации. От дворянства потребовали финансовой поддержки церквей. Начали контролировать профессиональные умения пасторов. В 1686 году на всей территории Шведского государства вступил в силу Закон о церкви, который действовал также в Эстляндии и Лифляндии. Согласно этому закону пасторов назначала на должность государственная власть. Повсюду также стали вести церковные книги, куда заносили даты рождения, крещения, венчания и смерти. Церковные книги являются важным источником для изучения семейной истории.

Лютеранское учение предусматривало, что каждый человек должен сам уметь читать Слово Божье. Но в Эстонии в шведский период были только городские школы на немецком языке, где крепостным крестьянам делать было нечего. При приходской церкви кистер обучал крестьянских детей катехизису и молитвам, но почти никто не учился читать или писать. Во второй половине XVII века Шведское государство начало серьезно заниматься развитием народного образования. Прежде всего, необходимо было подготовить владеющих эстонским языком учителей. Для этого в 1684 году недалеко от Тарту основали учительскую семинарию, которой стал руководить сын пастора Бенгт Готтфрид Форселиус. В семинарии Форселиуса получили образование примерно 150 крестьянских юношей, которые стали преподавать в недавно созданных крестьянских школах. Правительство издало указ о создании при каждой церкви крестьянской школы, причем, каждый дворянин должен был поддержать ее строительство и выделить учителю земельный участок.

Повсеместно все же школы создать не успели, а Северная война прекратила деятельность и многих ранее открытых школ. В 1730-е годы церковные власти в прибалтийских провинциях вновь стали развивать народное образование. В 1780 году в Эстонии было уже 550 крестьянских школ. Учебный год длился с Мартова дня до Пасхи. В основном дети ходили в школу несколько зим, пока хорошо не усваивали чтение и катехизис. Считается, что к концу XVIII века примерно от половины до двух третей крестьян умели читать. Умение писать оставалось большой редкостью.

В Лифляндии в Средние века собственного университета не было, и здешние молодые немцы уезжали учиться в основном в Германию. В польский период в Тарту была основана католическая гимназия, деятельность которой прекратилась в 1625 году, когда город перешел под владычество Швеции. Шведские власти посчитали необходимым основание университетов также и в новых провинциях, поскольку государству нужны были образованные пасторы, государственные чиновники, юристы и врачи. Местом расположения выбрали Тарту, находившийся более или менее в центре прибалтийских провинций. Для университета считалась более подходящей обстановка небольшого города – единственный тогда университет в Шведском государстве находился за пределами его столицы Стокгольма – в городе Уппсала. В Тарту размещалась тогда и управа Лифляндской провинции во главе с бывшим учителем Густава Адольфа – Иоганном Шютте. Шютте был и поборником создания университета и его действительным организатором.

Прежде чем основать университет, нужно было создать школы, которые давали бы начальное образование, необходимое для поступления в университет. Для этого в 1630 году в Тарту и в 1631 году в Таллинне основали академические гимназии, где на латыни преподавали теологию, логику, историю и другие предметы. В 1632 году университет, наконец, был создан. В Тарту приезжали учиться и прибалтийские немцы, и шведы, и финны. Иоганн Шютте объявил о том, что университет открыт и для крестьян, но это оставалось лишь лозунгом, поскольку в реальности у крепостных не было возможности послать детей даже в городскую школу, а уж тем более в гимназию или университет.

По европейской традиции в университете было 4 факультета и в качестве языка обучения – латынь. Сначала все студенты несколько лет изучали «свободные искусства» – философию, политику, латинский и греческий языки, а также историю – на факультете философии. Затем можно было выбирать, продолжать ли учебу в сфере теологии, права или медицины. Кроме того, в университете был штатный преподаватель фехтования, а также учителя танцев и музыки.