Во второй половине XIX века центральное российское правительство приступило к укреплению власти империи на ее периферийных территориях, в т. ч. в Прибалтике. Этот новый политический курс получил название русификации. В течение либерального периода правления Александра II требования о тесном присоединении Прибалтики к России можно было увидеть на страницах газет и журналов. Однако однозначное изменение в отношении правительства произошло после прихода к власти Александра III в 1881 году – именно этот год можно считать годом начала политики русификации в Эстонии. При восхождении на трон Александр III стал первым российским императором, не утвердившим особые прибалтийские законы и привилегии, предпочтя разобраться в них самостоятельно. В 1885 году император назначил новых губернаторов и чиновников, которые должны были позаботиться о реализации политики русификации.

Существует множество причин того, почему центральное российское правительство изменило отношение к особому положению Прибалтики и приступило к усиленной защите интересов России. Важную роль сыграл рост национализма в России. В Прибалтийских губерниях доминировали немецкое высшее общество и культура. Русские националисты, которые видели Прибалтику исконной частью России, были этим крайне недовольны. Кроме того, влияние на принятое решение оказали интересы государственной безопасности. В западной части империи (в Финляндии, Прибалтике, Литве, Польше) центральная власть была сравнительно слабой: доля русскоязычного населения была невелика, а местное высшее общество обладало значительным правом самоуправления. Восстание в Польше и Литве показало, что в лояльности этих территорий нет никакой уверенности.

Русификация в Прибалтике проводилась несколькими путями. С одной стороны, здесь были приняты российские законы: унифицирована организация полиции и судебная система, вступил в силу новый закон о городах. Были реорганизованы и модернизированы балтийско-немецкие сословные судебные и правительственные учреждения со средневековыми традициями. Так, на выборах городских советов прежние сословные ограничения были заменены имущественным цензом, который позволил участвовать в выборах и собственникам недвижимости эстонской национальности. С другой стороны, привилегии получили русский язык и культура: делопроизводство отныне велось на русском языке, было введено русскоязычное школьное образование, ужесточена цензура (особенно в отношении печатных текстов на немецком языке). Огромное внимание уделяли улучшению положения православной церкви и содействию перехода от лютеранской церкви к православной.

Реформы русификации способствовали укреплению российского влияния в Прибалтике – широкое распространение получили русская культура и общественно-политическая идея. Множество людей по собственной инициативе интересовалось изучением русского языка, перенимали русские манеры и обращались в православную веру. Благодаря этому некоторые эстонцы действительно получили возможность сделать карьеру. С другой стороны, русификация никогда не казалась эстонцам столь привлекательной, как возможность приобщиться к немецкому влиянию. Краткосрочный период русификации не сумел вытеснить длительное влияние немецкой культуры.

Русификация способствовала росту русскоязычной бюрократии, когда делопроизводство было переведено на русский язык. Кроме того, русский преобладал в армии, на железной дороге, в суде, на почте и телеграфе. Только в рыцарствах и волостных самоуправлениях внутренними рабочими языками оставались немецкий и эстонский.

Обязательным языком обучения во всех школах стал русский – как в деревенских начальных школах, так и в немецких уездных училищах и гимназиях. Было разрешено преподавать детям русский язык при помощи эстонского, закон Божий также можно было преподавать на эстонском. К счастью, благодаря домашнему воспитанию и отношению многих школьных учителей, эстонцам удалось сохранить свою письменность. Тем же, кто хотел продолжить обучение в приходском училище, городской школе и позднее в гимназии, приходилось учить русский язык. Русификация образования нанесла тяжкий удар и по балтийским немцам, которые решили закрыть старую Таллиннскую Домскую школу.

Полная русификация образования окончилась бы тем, что раньше или позже эстонская письменность исчезла бы полностью. К счастью, период русификации продлился недолго. Приход к власти нового императора – Николая II – в 1894 году принес некоторое облегчение. Русский язык остался официальным языком делопроизводства, но в сфере образования и культуры для использования эстонского и немецкого языков была получена большая свобода.

Русификация не оказала особого влияния на национальное движение эстонцев. Во второй половине 1880-х годов все активнее создавались общества, развивались хоры, собирался фольклор, росла популярность движения за трезвость. Проходившие в этот период эстонские певческие праздники (1891, 1894, 1896) уже были массовыми общенациональными мероприятиями, на которых выступали тысячи человек. Несмотря на усилившуюся во второй половине 1880-х годов цензуру, начали издаваться новые газеты на эстонском языке (первой ежедневной газетой на эстонском языке стала «Postimees», издающаяся с 1891 года), увеличивался тираж печатных изданий, существенно возросло число подписчиков. Еще в 1860-х годах издавалось в общей сложности 6–8 газет и журналов на эстонском языке, а к концу века их было уже около 24–27. По своей направленности эстонская пресса оставалась националистической также и в период русификации. В отличие от финнов, эстонцы не слишком протестовали против снижения автономии в Прибалтике. Считалось, что в результате русификации ослабнет политическое и культурное превосходство балтийских немцев и эстонцы получат больше свободы.