В начале XIX века население в Эстонии впервые превысило показатель в полмиллиона, а в начале XX века – миллион. Столь быстрый рост был обусловлен снижением смертности. Еще в середине XIX века двое из пяти детей умирали до достижения совершеннолетия, половина из них – в первый год жизни. В конце XVIII века средняя ожидаемая продолжительность жизни эстонского крестьянина составляла 35 лет, к концу XIX века – 43 года, а к 1930-м годам – 57.

Изменился и национальный состав страны. К концу XIX века русские были наиболее многочисленным меньшинством на территории Эстонии. Доля представителей немецкой национальности постоянно снижалась. Прирост населения среди остзейских помещиков был сравнительно низким, а извне немцы в Эстонию не приезжали; скорее наоборот – многие покидали страну.

В 1860-х годах крестьяне получили широкую свободу передвижения, что способствовало переселению. Чаще всего на переезд эстонцев толкало желание получить землю, предлагаемую центральной российской властью на ранее незаселенных или недавно захваченных территориях (например, в Самаре, Крыму, на Кавказе и в Сибири). К 1917 году каждый пятый эстонец проживал за пределами родины, преимущественно в России.

Еще в XIX веке большинство эстонцев были сельскими жителями, но начиная с последних десятилетий этого же столетия все больше представителей коренной нации стали переселяться в города в надежде на лучший заработок. При этом эстонцы переселялись не только в местные города – все большую популярность приобретали Рига, Санкт-Петербург и др. Санкт-Петербург стал вторым городом после Таллинна по численности эстонцев – там была эстонская церковь, школа, общества, театральные кружки, а позднее также начала издаваться газета на эстонском языке.

Чем больше эстонцев принимало решение о переезде в город, тем меньше становилась доля немецкого населения в городах. Однако численное превосходство эстонцев еще вовсе не означало политического и экономического авторитета. Высшее общество в городах по-прежнему составляли немцы. Крестьянин, принявший решение о переезде в город, мог в лучшем случае рассчитывать на работу в хозяйствах богатых бюргеров, но и такой работой города могли обеспечить лишь около тысячи человек. Также регулярный доход предлагали строительство, транспорт и фабрики. Большой же части недавних горожан приходилось мириться с тем, что их ждет случайная работа. Зарплата в городах была выше, чем в сельской местности, но условия проживания часто были хуже. Фабричные рабочие жаловались на слишком длинные смены, плохие жилищные условия, скудный рацион и плохое отношение. Зачастую эстонцу было не к кому обратиться за помощью.

Эстонцы, которым удалось разбогатеть, старались влиться в средний класс городских немцев, и по этой причине их стали называть можжевеловыми немцами (эстонское слово kadakasakslane произошло от немецкого Katensasse, что в переводе означает «немец из хибары» – таким образом, остзейские немцы выражали свое пренебрежительное отношение к подражающим им эстонцам). По-настоящему разбогатеть и открыть успешное производство удалось лишь единицам эстонцев, и произошло это лишь в начале XX века.

В Российской империи (в т. ч. и в Эстонии) промышленная революция произошла значительно позднее, чем в Западной Европе. Хотя первые фабрики в Эстонии были основаны в первой половине XIX века, даже в начале XX века Эстония оставалась аграрной страной.

Началом фабричного производства в Эстонии можно считать 1820-е годы, когда в городе Нарва были основаны первые чесальные, прядильные и суконные фабрики. Поначалу фабрики работали на энергии Нарвского водопада, а в 1827 году на них был применен первый в Эстонии паровой двигатель. Освобождение крестьян и свобода передвижения обеспечили фабрики большим количеством рабочей силы. В 1860 году на территории Эстонии насчитывалось всего 6500 промышленных рабочих, к концу века их число возросло до 30 000 (около 3 % населения страны). Развитие промышленности и рост городов сопровождались увеличением доли торговли, обслуживания и транспорта. К концу XIX века в этих сферах была занята примерно четверть населения Эстонии. Более двух третей населения занимались сельским хозяйством, рыболовством и лесным хозяйством.

В XIX веке промышленность в Эстляндской губернии развивалась значительно быстрее, чем в соседней Лифляндии. Главными промышленными центрами стали Таллинн и Нарва, причем Нарва сильно вырвалась вперед. В XIX веке ведущей отраслью промышленности было текстильное производство, которое еще в 1890 году производило более 80 % всей промышленной продукции в Эстонии. В середине века кярдлаские помещики братья Унгерн-Штернберги основали на Хийумаа работающую на паровой силе текстильную фабрику, обеспечивавшую работой примерно 500 человек. Именно на этом месте появился рабочий поселок Кярдла, который позднее получил статус города. Вокруг таких крупных фабрик, как суконная фабрика в Синди и цементная в Кунда, возникали рабочие поселки, ядро которых образовывали производственные здания, жилье рабочих и чиновников, школа, детский сад, магазины, трактир, рынок, баня, больница, аптека, церковь, карцер, почта и пр.

Еще в середине XIX века в Таллинне не было ни одного крупного производства, но ближе к концу века центр тяжести развития промышленности в Эстонии полностью переместился в столицу. Связано это было с развитием металлообрабатывающей и машиностроительной промышленности, начало которого пришлось на 1870-е годы. Важную роль при этом сыграло открытие железной дороги Палдиски–Таллинн–Нарва–Санкт-Петербург в 1870 году. В Таллинне, как в портовом городе, росла транзитная торговля, а для промышленности открылся прямой путь на огромный внутренний рынок России. Кроме того, открытие железнодорожного сообщения способствовало перемещению народа, что привело к стремительному росту населения Таллинна. Крупными промышленными предприятиями стали машиностроительный завод Ф. Виганда (позднее «Ильмарине»), производивший электродвигатели завод «Вольта», а также вагоностроительный завод «Двигатель». Еще до окончания XIX века были основаны Балтийская хлопчатобумажная мануфактура и фанерно-мебельная фабрика Лютера.