Hoolimata linnakodanike ulatuslikest vabadustest, leidus linnas ka neid, kellele linlase privileegid ei laienenud. Sellised inimesed olid ilma jäetud kodanike vastastikusest abist ja toetusest ning olid linnakogukonnast otsekui välja tõrjutud. Eelkõige arvati nende hulka nn autute ametite pidajad.

Üks selline amet oli timukas. Rahva hulgas timukat nii kardeti kui ka põlati. Põlgus kandus üle ka tema perekonnale, naisele ja lastele. Timuka järglastel polnud lootust saada ei ausa ameti peale ega abielluda ausa neiuga. Lisaks hukkamistele ja piinamistele teenis timukas lisa linna jäätmeaukude tühjendamisega. Mõnel pool pidi timukas valvama linna prostituutide järele ja kihutama minema võõrsilt tulnud „rändavad preilid“.

Ka prostituudi ametit peeti autuks. Hiliskeskaja Euroopas leidus arvukalt bordelle, iseäranis hakkas nende arv kasvama 14. sajandi keskpaigast alates. Näiteks Tallinnas tegutses Punase Kloostri nimeline bordell. Kuigi lõbunaised olid erineva sotsiaalse päritoluga, pidasid seda ametit enamasti ikkagi äärmisse viletsusse tõugatud. Keskaja linnas kuulusid autute ametite hulka veel saunamehed ja -naised, surnumatjad, öövahid, rändnäitlejad ja -moosekandid. Kahe viimase grupi positsiooni määras ära nende rändav eluviis, mis tegi nendest linnakodanike jaoks kontrollimatu ja kahtlase kontingendi. Vaimulikud süüdistasid žonglööre lausa saatana teenimises.

Linnakogukonnast jäeti välja ka juudid. Nemad kujutasid endast keskaja linnas erijuhtumit. Paljudes suurtes Euroopa linnades asusid suured juudikogukonnad. Nad elasid spetsiaalsetes juudikvartalites, mis olid kas osaliselt või täielikult müüriga ümbritsetud. Seal elasid nad omaenda õiguste järgi.

Juutidel ei tohtinud keskajal olla maaomandit, nad elatasid end käsitöö ja kaubandusega. Erilise tähtsuse omandasid juudid aga raha protsendiga väljalaenajatena. Protsentide arvel rikastumist ehk liigkasuvõtmist peeti keskajal ebaausaks tegevuseks. Kirik mõistis selle hukka ja keelas ära. Juutidel aga niisugust keeldu ei olnud ning liigkasuvõtmine tegi nad sageli väga jõukaks.

Juutide eraldatus, erinev usk ja kombed ning mõnede juutide jõukus tekitasid ülejäänud linnaelanikes kahtlusi, isegi vihkamist. Neile pandi süüks valgustkartvaid tegusid, võikaid rituaale. Iseäranis 12. sajandist peale kasvas ühiskonnas juutidevastane vaenulikkus. Musta Surma ajal süüdistati juute haiguse levitamises ja see viis suurte juudipogrommideni – tuhandete juutide tapmiseni.

Etnilistest ja religioossetest vähemustest kohtab keskaja Euroopa linnades veel mustlasi ning peamiselt Pürenee poolsaarel ka moslemeid.

Pidalitõbiseid ehk leeprahaigeid rahvas kartis. Nakkava haiguse tõttu rajati neile spetsiaalseid haigemaju ehk leprosooriume. Esimesed teated leprosooriumitest Euroopas pärinevad juba 7.–8. sajandist. Eesti vanim pidalitõbila oli 1237. aastal asutatud Tallinna Jaani seek. Eesti viimane pidalitõbiste varjupaik, mis asus Saaremaal, lõpetas tegevuse alles 20. sajandi keskel. Keskajal peeti pidalitõbiste eest hoolitsemist väga õilsaks teoks. Teati ju selle haiguse ravimatust ning haiguse kulg ja haigete väljanägemine oli ühtviisi hirmutav. Juba 9. sajandist levisid ettekirjutused, mis nõudsid pidalitõbiste eraldamist, niisamuti nende majade, rõivaste, mööbli ja muude isiklike asjade põletamist. Leprosooriumitesse viidud pidalitõbised võisid sealt väljuda vaid käristiga endast teistele teada andes.

Pidalitõbised olid keskajal patususe ja ebapuhtuse kehastus. Suurte õnnetuste ajal nähti neis põhilisi patuoinaid. Näiteks 1315.–1318. aasta suure üleeuroopalise näljahäda ajal jälitati juute ja pidalitõbiseid kogu Prantsusmaal, sest neid kahtlustati kaevude ja allikate mürgitamises.

Linnades andis raad välja ettekirjutusi, kuidas pidalitõbistega ümber käia. Näiteks keelati neil elada koos tervete inimestega. Kui kahtlustati, et keegi on haige, siis lasti ta arstidel läbi vaadata. Juhul kui inimene oli tõepoolest leeprahaige, kihutati ta linnast minema ja jälgiti, et ta tervete inimestega kokku ei puutuks. Ühtlasi keelati linnaelanikel pidalitõbistele peavarju anda.

Keskaja ühiskonna äärealadele kuulusid ka kerjused, kes rändasid mööda maad ringi ja elatusid almustest. Kerjama sattusid inimesed mitmesugustel põhjustel. Palju leidus kerjuste seas kas vaimselt või füüsiliselt haigeid inimesi.

Keskaja karistusviiside hulka kuulus inimese köndistamine (kõrvade äralõikamine, käe või jala maharaiumine). Selline inimene oli elu lõpuni avalikult häbimärgistatud ja/või töövõimetuks tehtud. Sageli polndki tal muud väljapääsu, kui hakata kerjama. Keskaja eripära oli ka see, et leidus inimesi, kes vabatahtlikult loobusid oma varast ning eelistasid elatuda kerjamisest ja kaasinimeste annetustest. Sel kombel soovisid nad järgida Kristust, n-ö käia tema jälgedes. Keskajal idealiseeriti vaesust, sest Kristus nägi rikkuses pigem takistust teel Jumalariiki.

Hiliskeskajal muutusid kerjused linnale tõsiseks majanduslikuks koormaks. Seepärast hakati välja andma nn kerjusteseadusi. Nende järgi võisid linnas olla ja kerjata vaid kohalikud ja paiksed kerjused. Rändavad kerjused linnavõimudelt kaitset ei saanud, nad kihutati linnast minema, sest nii mõnigi kord olid rändkerjused seotud kuritegevusega, eriti vargustega.