Ristisõdade käigus tekkis Euroopa poliitilisele kaardile uus maa – Liivimaa. See hõlmas umbes tänapäevase Eesti ja Läti ala. Liivimaa ei olnud riik, vaid kogum valdusi, millel igaühel oli oma valitseja ehk maahärra. Ometi kujunes Liivimaal välja ühtekuuluvustunne, mida toetas vallutajate sarnane kultuuritaust. Liivimaa valitsejad lähtusid oma valduste sisseseadmisel sellest, mis moodi oli riiklik elu korraldatud nende päritolumaal Saksa-Rooma riigis. Üle mere toodi kaasa arusaamad valitsemisest ja kuulekusest, eri seisusest inimeste õigustest ja kohustustest. Kui sõda oli läbi, pidid uued isandad arvestama ka kohalike olude ja õigustavadega. Saaremaal näiteks oli valitsemine veel 13. sajandil peamiselt kohalike vanemate korraldada.

Liivimaa jagunes viieks piiskopkonnaks: Riia peapiiskopkond, Tallinna, Tartu, Saare-Lääne ja Kuramaa piiskopkond. Liivimaa piiskoppidel (v.a Tallinna omal) oli samamoodi nagu paljudel nende Saksamaa ametivendadel peale vaimuliku võimu ka ulatuslik ilmalik võim. Kuid juba maa vallutamise käigus eraldas Riia peapiiskop ja hiljem ka teised piiskopid osa oma piiskopkonnast Mõõgavendade ordu ilmaliku valitsemise alla. Seda osa piiskopkonnast, kus ilmalik võim jäi piiskopile endale, nimetatakse stiftiks. Et maad kaitsta ning kohalikku haldust paremini korraldada, läänistasid piiskopid oma stifti maid vasallidele. Kuid lääni said siiski vähesed rüütlid. Läänistamine toimus aegamööda, mis tähendas, et Liivimaa aadlisuguvõsad ei tulnud siia kõik korraga 13. sajandil, vaid et vasalle tuli hiljem pidevalt juurde.

Kui Mõõgavendade ordu 1237. aastal Saksa orduga liideti, hakkas viimane valitsema ka seni Mõõgavendadele kuulunud maid. Erinevalt piiskoppidest Saksa ordu oma maid välja ei läänistanud, vaid valitses neid ise ja püüdis oma valdusi igati laiendada. Ordu viis lõpule Kuramaa vallutamise ja ostis 1346. aastal Taani kuninga käest endale Põhja-Eesti. Seetõttu valitses ta lõpuks Liivimaast kõige suuremat osa.

Mõõgavennad pidid olema Riia piiskopile kuulekad, Saksa ordu allus aga otse paavstile ega tahtnud kuuldagi siinsete piiskoppide ülemvõimust. Nii püüdis ordu kõigepealt vabaneda kuuletumiskohustusest ning seejärel saavutada mõjuvõimu piiskoppide ametissenimetamise üle. Peale selle tülitsesid Saksa ordu ja Riia peapiiskop selle pärast, kes peaks olema Riia linna maahärra: kas kumbki nendest üksi või mõlemad korraga. Õigust otsiti ka paavsti juurest. Aeg-ajalt viis omavaheline protsessimine Liivimaal isegi täiemõõdulise kodusõjani. Riia peapiiskopi ja ordu võimuvõitlus kestis vaheaegadega kogu keskaja, ilma et kumbki pool oleks otsustavalt teise üle võitu saanud.

Samal ajal kui maahärrad omavahelistes võitlustes end nõrgestasid, muutusid järjest tähtsamaks vasallid. Taani kuninga vasallid Põhja-Eestis olid liitunud juba 13. sajandil. Ka piiskoppide vasallid moodustasid ühenduse, et hakata valitsemises rohkem kaasa rääkima. Vasallide tugevust näitavad nende väljavõideldud privileegid läänide müümise ja ostmise osas. Kuna eri maahärrade vasallid olid omavahel suguluses, oli vasallidel kerge ka üleliivimaalist koostööd teha. Vasallide ühendustest kujunesid keskaja lõpuks välja rüütelkonnad, mis etendasid Baltikumi omavalitsuses kuni esimese maailmasõjani tähtsat rolli.

Keskaegse Liivimaa sisepoliitikas oli oma sõna öelda ka linnadel. Võimas kaubalinn Riia püüdis oma kaht maahärrat, ordut ja peapiiskoppi, korduvalt üksteise vastu välja mängida. Tallinna suhted oma maahärra Saksa orduga olid rahumeelsemad. Kuigi Liivimaa linnade poliitiline seisund oli erinev, oli neil palju ühiseid huvisid, eriti kaubanduse alal. Kaubandusküsimusi arutati selleks kokku kutsutud linnadepäevadel. Liivimaa linnade saadikud külastasid ka Lübeckis ja mujal Põhja-Saksamaal peetavaid hansapäevi.

Liivimaal ei olnud üht valitsejat ega pealinna. Ainus koht, kus kõik Liivimaa maahärrad ja seisused korraga kokku said, oli Liivimaa maapäev. Kogunemisi korraldati vastavalt vajadusele ja enamasti Liivimaa keskosas, Volmaris ja Valgas. Maapäevadel arutati mitmesuguseid teemasid, näiteks müntimise korraldamist, sõja alustamist või rahu sõlmimist. Kõige rohkem kulus aga maapäevadel aega maahärrade, vasallide ja linnade omavaheliste tüliküsimuste arutamiseks. Vaidlemine ja otsustamine oli raske ja tihti omavahel kokkuleppele ei jõutudki. Liivimaa sisemise rahu ja ühtsuse saavutamiseks olid olulised maapäevadel sõlmitud liidulepingud, milles isandad ja seisused (s.t vasallid ja linnad) lubasid vastastikku üksteise eesõigusi austada ja tüliküsimusi mitte sõjaliselt, vaid läbirääkimiste teel lahendada.

Liivimaa valitsejad olid algusest peale tihedalt seotud Saksa-Rooma keisririigiga. Siinsed piiskoppidest maahärrad olid keisri läänimehed. 16. sajandil sai selleks ametlikult ka Saksa ordu Liivimaa meister. Keiser kutsus siinseid maahärrasid Riigipäevale, kuhu nood siiski kunagi ise ei jõudnud, vaid saatsid sinna oma esindajad. Keisri võimalused Liivimaa poliitikasse otseselt sekkuda olid tagasihoidlikud. Keisri võim hiliskeskaegsel Saksamaal ei olnud kuigi tugev, kuid keisririigil oli liivimaalaste jaoks suur sümboolne tähendus.