Saksa ordu oli suur üleeuroopaline organisatsioon. Kui ordu 13. sajandil Liivimaale tuli, oli tema keskus ja tegevuse põhiraskus veel Lähis-Idas. Samas oli alanud Preisimaa vallutamine, milleks värbasid rüütleid peamiselt Saksamaa lõunaosas paiknenud ordumajad. Liivimaa valdused moodustasid kogu sellest organisatsioonist vaid ühe, kuigi järjest tähtsamaks muutuva osa. Kui Lähis-Ida valdused 13. saj lõpul kaotati, kujunes ordu südamaaks Preisimaa. Sealses Marienburgi (Małbork, tänapäeval Poolas) linnuses resideeris kõrgmeister ja käis koos ordu kõrgeim otsustuskogu – üldkapiitel.

Liivimaa orduprovintside eesotsas oli meister, kelle valis ordu üldkapiitel ja kinnitas kõrgmeister. Alates 15. sajandi algusest hakati meistrivalimisi korraldama Liivimaal, meistri kinnitamine jäi aga kõrgmeistri õiguseks. Tähtsuselt järgmine orduametnik Liivimaal oli maamarssal, kes oli meistri asetäitja ja sõjavägede ülemjuhataja. Liivimaa orduterritoorium jagunes piirkondadeks, mida juhtisid komtuurid ja foogtid. Tähtsamad ordukäsknikud moodustasid meistri nõukogu. Liivimaa asjade arutamiseks kogunesid ordukäsknikud Liivimaa kapiitlile.

Saksa ordu tuumiku moodustasid rüütelvennad, keda ordu kõrgajal, 14. sajandil, võis Liivimaal olla üle 400. Suurem osa rüütelvendi oli sündinud Saksamaal, Liivimaalt pärinesid vaid üksikud. Kõige rohkem rüütleid värvati Liivimaa orduharusse Vestfaalist ja Reini jõe alamjooksult. Enamasti tuldi Liivimaale noores eas ning jäädi siia kogu eluks. Peale aadliseisusest rüütlite, kes kandsid valget musta ristiga ordumantlit, kuulus ordusse vähesel määral ka madalamat päritolu vendi, kes sõdisid kergemas relvastuses ja keda nende halli ordumantli järgi kutsuti hallmantliteks. Jumalateenistuste pidamiseks ja kirjaliku asjaajamise korraldamiseks elasid linnustes preestervennad. Ordu valduste majandamiseks ja rüütlite teenimiseks vajati ka lihtsat tööjõudu, kes värvati tõenäoliselt kohaliku rahva, nii sakslaste kui ka eestlaste hulgast.

Ordu põhieesmärk oli kaitsta siinseid kristlasi ja sõdida paganate vastu. Selle võitluse ägedust 13. sajandil näitab fakt, et 22 esimesest Liivimaa meistrist 13 langesid lahingus. Hilisematel sajanditel on ainult üks ametisolev meister lahingus langenud. Eriti verised olid sõjad leedulastega, aga ka vene vürstiriikidega ei olnud suhted alati rahumeelsed.

Lahinguväljal ei koosnenud ordu vägi siiski ainult rüütlitest. Liivimaalaste ühistel sõjakäikudel osalesid ka piiskoppide vasallid ja kohalik rahvas. Mida aeg edasi, seda tagasihoidlikumaks muutus aga sõjaväes nii maarahva maleva kui ka rüütlite osa. Juba 15. sajandil moodustasid Liivimaa sõjaväe põhijõu hoopis palgasõdurid.

Saksa ordu valitses keskaegsest Liivimaast kõige suuremat osa. Halduslikult jagunes see ala komtuurkondadeks ja foogtkondadeks, mida valitseti linnustest. Ordu tuumikalaks oli juba Mõõgavendade vallutatud maa Koiva jõe alamjooksul. Pealinnus paiknes algselt Riias, kuid konfliktide tõttu linnaga hakkasid meistrid resideerima Võnnus (läti k Cēsis). Teine rikkam ja linnusterohkem piirkond oli Viljandimaa. Viljandi linnust peeti Liivimaal üldse kõige tugevamaks kindluseks. Tähtsal kohal ordu linnuste võrgus olid ka piirilinnused: Narva, Grobina, Aizkraukle jt.

Ordulinnus oli korraga nii kindlus kui ka klooster. Mõlema otstarbe täitmiseks arenes välja eriline linnusetüüp – konvendihoone. See kujutas endast ruudukujulise põhiplaaniga siseõuega maja, mille eri tiibades paiknesid ühiseks eluks vajalikud ruumid: kabel, magamistuba, söögituba, kapiitlisaal jm. Vennad osalesid linnuses regulaarsetel jumalateenistustel ja sõid koos. Kõik ordulinnused ei olnud siiski konvendihooned, oli ka väiksemaid elutorne ja suure siseõuega linnuseid. Vabal ajal pidid rüütlid oma varustust hooldama ja relvi parandama. Nagu kloostris ikka, ei tohtinud nad ilma loata linnusest lahkuda.

Kuna ordul oli vähe vasalle, pidi ta oma valdusi ise majandama. Selleks kuulus iga allüksuse alla teatav hulk ordumõisaid, kus peeti hobuseid ja kuhu koguti talupoegadelt saadud andameid.

Ordu ei püsinud Liivimaal valitsetud 300 aasta jooksul kaugeltki mitte muutumatuna. Alguses oli rüütlite põhitegevus sõjapidamine, hiljem keskenduti aga järjest enam vallutatud maade valitsemisele. Suureks probleemiks sai ordu ühtekuuluvustunde nõrgenemine. Liivimaa meister soovis suuremat sõltumatust Preisimaa kõrgmeistrist, Liivimaa ordukäsknikud soovisid aga suuremat sõltumatust oma meistrist. Foogtid ja komtuurid käsitlesid oma valdusi nagu eraomandit ning ordulinnus hakkas meenutama pigem ilmaliku valitseja õukonda kui kloostrit. Kohalikud aadlikud võtsid üle linnuseameteid ja nõunikukohti, ka kirjalikku asjaajamist ei korraldanud enam orduvaimulikud, vaid juristidest sekretärid. Ordu rangest eluviisist ei peetud enam kuigi täpselt kinni. Rüütlite meelelahutuse eest hoolitsesid muusikud ja õuenarrid. Kuigi orduvennad ei tohtinud abielluda, võtsid nii mõnedki neist naisi enda juurde elama.